2020 06 15

GMS-NGP-bioinformatik

Datum: 2020-06-15
Antecknare: Mårten
Deltagare: Isak Sylvin, Jenny Welander, Karolina Ininbergs, Paula Mölling, Erika Hallbäck , Jonas Björkman, Olov Svartström, Sofia Stamouli, Mårten Lindqvist, m.fl.

Protokoll

1. Val av sekreterare
   Mårten tar anteckningar

2. Instick iom nya deltagare
   För att koppla samman NGP-gruppen, och främst pipelinedelen med övriga delen av GMS-mikro så utökades antalet inbjudna för dagens möte.

3. Omfattning av pipeline; förslag och diskussion
   Tanken är att få en pipeline för proof-of-concept av NGP-infrastrukturen. Mikro är utvalt för att datamängderna är relativt begränsade där. Den pipeline som tas fram vara till nytta för alla GMC. Därför kommer data från Illumina och IonTorrent stödjas och cgmlst och MSRA vara metodfokus. På mötet föreslogs att satsa på Sars-cov2. Beslutar att fokusera på MSRA och CGmlst och tar Sars-cov2 som uppföljningsdel.

4. Arbetssätt; förslag och diskussion
   Hackathon föreslogs som metod för att koda tillsammans. Isak, Mårten, Sofia Olov och Jonas visade intresse för att vara med på det. Isak skickar ut doodle för lämpliga datum. Nextflow beslutades att vara gemensamt flödesspråk.
   Förutom ren programmering så behövs det en expertgrupp för utvärdering av pipeline. Viktigt att synkronisera med arbetsgruppen i GMS-mikro.

5. Milstolpar, MVP; förslag och diskussion
   Första lösningen ska hållas enkel och fokuserad.

6. Tills nästa möte
   Isak skickar ut doodle angående Hackaton