Skip to content

Commit

Permalink
finish 9.
Browse files Browse the repository at this point in the history
  • Loading branch information
agricolamz committed Aug 11, 2024
1 parent 8b9889f commit d31ef4c
Show file tree
Hide file tree
Showing 29 changed files with 66 additions and 88 deletions.
Loading
Sorry, something went wrong. Reload?
Sorry, we cannot display this file.
Sorry, this file is invalid so it cannot be displayed.
Loading
Sorry, something went wrong. Reload?
Sorry, we cannot display this file.
Sorry, this file is invalid so it cannot be displayed.
Loading
Sorry, something went wrong. Reload?
Sorry, we cannot display this file.
Sorry, this file is invalid so it cannot be displayed.
Loading
Sorry, something went wrong. Reload?
Sorry, we cannot display this file.
Sorry, this file is invalid so it cannot be displayed.
Loading
Sorry, something went wrong. Reload?
Sorry, we cannot display this file.
Sorry, this file is invalid so it cannot be displayed.
Binary file modified book/3_data_visualization_files/figure-html/unnamed-chunk-23-1.png
Loading
Sorry, something went wrong. Reload?
Sorry, we cannot display this file.
Sorry, this file is invalid so it cannot be displayed.
Loading
Sorry, something went wrong. Reload?
Sorry, we cannot display this file.
Sorry, this file is invalid so it cannot be displayed.
Loading
Sorry, something went wrong. Reload?
Sorry, we cannot display this file.
Sorry, this file is invalid so it cannot be displayed.
Binary file modified book/3_data_visualization_files/figure-html/unnamed-chunk-49-1.png
Loading
Sorry, something went wrong. Reload?
Sorry, we cannot display this file.
Sorry, this file is invalid so it cannot be displayed.
Binary file modified book/3_data_visualization_files/figure-html/unnamed-chunk-50-1.png
Loading
Sorry, something went wrong. Reload?
Sorry, we cannot display this file.
Sorry, this file is invalid so it cannot be displayed.
Binary file modified book/5_working_with_texts_files/figure-html/unnamed-chunk-39-1.png
Loading
Sorry, something went wrong. Reload?
Sorry, we cannot display this file.
Sorry, this file is invalid so it cannot be displayed.
37 changes: 13 additions & 24 deletions book/9_introduction_to_quarto.qmd
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -244,10 +244,6 @@ mtcars |>

Для вставки таблиц в `quarto` используется стандартный в markdown *pipe table syntax* (знак `|` часто называют pipe --- аналог конвеера). Подпись вставляют, поставив двоеточие. Выравнивание регулируется позицией двоеточия в разделителе заголовка и тела таблицы:

::: {layout-ncol="2"}

:::: {}

```markdown
| по умолчанию | слева | справа | по центру |
|--------------|:------|-------:|:---------:|
Expand All @@ -258,10 +254,6 @@ mtcars |>
: Таблицы в markdown
```

::::

:::: {}

| по умолчанию | слева | справа | по центру |
|--------------|:------|-------:|:---------:|
| йц | ук | ке | нг |
Expand All @@ -270,13 +262,10 @@ mtcars |>

: Таблицы в markdown

::::
:::

Создавать такие таблицы руками не очень приятно, поэтому можно посмотреть на

- [бесплатный Сайт Tables Generator](https://www.tablesgenerator.com/markdown_tables), позволяющий преобразовать в pipe table syntax таблицу из Excel/LibreOffice Calc
- кроме того для вставки таблиц можно использовать [Visual Editor `quarto`](https://quarto.org/docs/visual-editor/content.html#editing-tables), который работает похожим образом.
- кроме того, для вставки таблиц можно использовать [Visual Editor `quarto`](https://quarto.org/docs/visual-editor/content.html#editing-tables), который работает похожим образом.

Кроме того, после подписи (или на месте подписи) в фигурных скобках можно задать размеры столбцов:

Expand All @@ -298,7 +287,7 @@ mtcars |>

: Таблица с разной шириной столбцов {tbl-colwidths="[3,1,5]"}

Ссылаться на таблицы можно аналогично как и на картинки при помощи хэштэга, а потом @tbl-our_table (код ссылки: `@tbl-our_table`):
Ссылаться на таблицы, как и на картинки, можно при помощи ключа, который задается хэштегом в фигурных скобках, например, @tbl-our_table (код ссылки: `@tbl-our_table`):

```markdown
| слева | справа | по центру |
Expand All @@ -318,7 +307,7 @@ mtcars |>

: Таблица со ссылкой {#tbl-our_table}

Таблицы, которые генерируются при помощи кода, имеют сходные аргументы, что и графики (`tbl-cap` и `label`).
Таблицы, которые генерируются при помощи кода, имеют такие же аргументы, что и графики (`tbl-cap` и `label`).

````markdown
```{{r}}
Expand Down Expand Up @@ -368,7 +357,7 @@ tibble(id = 1:26, let = letters[26:1])
}
```

После этого следует добавить в `yaml`-шапку следующую строчку `bibliography: references.bib` и после этого можно ссылаться на источники одним из следующих способов.
После этого следует добавить в `yaml`-шапку следующую строчку `bibliography: references.bib`, а затем можно ссылаться на источники одним из следующих способов:

+-----------------------------------------------------------+---------------------------------------------------------+
| markdown-разметка | Результат |
Expand All @@ -382,9 +371,9 @@ tibble(id = 1:26, let = letters[26:1])
| ``` | |
+-----------------------------------------------------------+---------------------------------------------------------+

В результате получатся интерактивные ссылки, а в конце еще и автоматически сгенерируется список литературы. В технических работах принято ссылаться на работы при помощи номера (например, *в работе [1, 3]...*). Кроме того, автоматически стиль форматирования литературы может отличаться от требований, например, ГОСТа. Обе эти задачи решает особый стилевой файл с разрешением `.csl`, который следует поместить в папку с проектом, добавив при этом в `yaml`-iапку следующую строчку: `csl: ваш-файл.csl`. Один из вариантов `.csl` файла для оформления литературы по ГОСТу можно найти здесь.
В результате получатся интерактивные ссылки, а в конце еще и автоматически сгенерируется список литературы. В технических работах принято ссылаться на работы при помощи номера (например, *в работе [1, 3]...*). Кроме того, автоматический стиль форматирования литературы может отличаться от требований, например, ГОСТа. Обе эти задачи решает особый стилевой файл с разрешением `.csl`, который следует поместить в папку с проектом, добавив при этом в `yaml`-iапку следующую строчку: `csl: ваш-файл.csl`. Один из вариантов `.csl` файла для оформления литературы по ГОСТу можно найти [здесь](https://raw.githubusercontent.com/agricolamz/daR4hs/main/gost-r-7-0-5-2008-numeric-iaa.csl).

Откуда же взять наполнение файла `references.bib`? Есть несколько путей. Во-первых в Google Scholar есть кнопка, позволяющая процитировать работу. При ее нажатии можно выбрать BibTex формат. Кроме того, Visual Editor `quarto` позволяет залезать в разные библиогрфические базы данных (Crossref, DataCite, PubMed), если в меню нажать Insert > Citation.
Откуда же взять наполнение файла `references.bib`? Есть несколько путей. Во-первых, в Google Scholar есть кнопка, позволяющая процитировать работу. При ее нажатии можно выбрать BibTex формат. Во-вторых, Visual Editor `quarto` позволяет залезать в разные библиографические базы данных (Crossref, DataCite, PubMed), если в меню нажать Insert > Citation.

Также важно отметить, что сущестует пакет `bib2df`, который позволяет перегонять библиографический файл в таблицу и обратно, так что создание библиографии может стать обычной задачей заполнения таблички.

Expand All @@ -406,7 +395,7 @@ bib2df("references.bib") |>

## Фрагменты кода {#sec-code_fragments}

В `quarto`-документ можно поместить фрагменты кода, которые во время компиляции будут исполнены. Обычно такие фрагменты начинаются с трех знаков машиночитаемого обратного апострофа (так на русский переводится английское Backtick --- название для символа, который в английской раскладке находится над буквой ё) и названия языка в фигурных скобках: ```` ```{r} ````. В меню справа есть зеленая кнопка c с плюсиком, которая позволяет вставлять фрагменты кода. Такого же результата можно добиться при помощи сочитания горячих клавиш: `Ctrl+Alt+I`.
В `quarto`-документ можно поместить фрагменты кода, которые во время компиляции будут исполнены. Обычно такие фрагменты начинаются с трех знаков машиночитаемого обратного апострофа (так на русский переводится английское Backtick --- название для символа, который в английской раскладке находится над буквой ё) и названия языка в фигурных скобках: ```` ```{r} ````. В меню справа есть зеленая кнопка c плюсом, которая позволяет вставлять фрагменты кода. Такого же результата можно добиться при помощи сочетания горячих клавиш: `Ctrl+Alt+I`.

- Посчитаем на R длину в символах названий английских месяцев.

Expand Down Expand Up @@ -498,15 +487,15 @@ my_var <- 42

Ничего не видно, но переменную `my_var` можно использовать в следующих фрагментах кода.

- `cache` --- позволяет закэшировать исполнение данного фрагмента кода. Это важно для фрагментов, исполнение которых занимает много времени, например, создание больших моделей, построение графика с большим количеством элементов и т. п.
- `cache` --- позволяет закэшировать исполнение данного фрагмента кода. Это важно для фрагментов, исполнение которых занимает много времени, например, для создания больших моделей, построения графиков с большим количеством элементов и т. п.

Вставленные фрагменты кода содержат две кнопки, справа, позволяющие запустить текущий фрагмент (зеленый треугольник) и все фрагменты кода до текущего фрагмента (серый треугольник):
Вставленные фрагменты кода содержат две кнопки справа, позволяющие запустить текущий фрагмент (зеленый треугольник) и все фрагменты кода до текущего фрагмента (серый треугольник):

![](images/09_06_code.png)

## `yaml`-шапка

Основные параметры документа хранятся в `yaml`-шапке. [`YAML`](https://en.wikipedia.org/wiki/YAML) --- это язык разметки, который используют для конфигарационных файлов. Важно про него понимать, что это списочный формат хранения данных, который чувствителен к отступам[^spaces] (все остальное в R --- нет). Перечислим некоторые полезные параметры:
Основные параметры документа хранятся в `yaml`-шапке. [`YAML`](https://en.wikipedia.org/wiki/YAML) --- это язык разметки, который используют для конфигурационных файлов. Важно про него понимать, что это списочный формат хранения данных, который чувствителен к отступам[^spaces] (все остальное в R --- нет). Перечислим некоторые полезные параметры:

[^spaces]: Отступы отбиваются пробелами. Знаки табуляции недопустимы.

Expand All @@ -527,13 +516,13 @@ author:
```

- `date` --- дата. Можно использовать просто `today`.
- `date-format` --- формат даты, я предпочитаю писать в этом аргумнете `D.MM.YYYY`
- `date-format` --- формат даты, я предпочитаю писать в этом аргументе `D.MM.YYYY`
- `lang` --- параметр языка, если написать `ru`, то автоматически произойдет перевод некоторых стандартных полей документа
- `number-sections` --- включает автоматическую нумерацию разделов
- `bibliography` --- файл с бибилографией
- `csl` --- путь к файлу `.csl` для отображения библиографии
- `toc` --- создание автоматического содержания
- `abstract` --- поля позволяет добавить аннотацию. Ниже приведено оформление многострочной аннотации
- `abstract` --- это поле позволяет добавить аннотацию. Ниже приведено оформление многострочной аннотации

```markdown
abstract: >
Expand All @@ -552,7 +541,7 @@ execute:
fig-width: 9
```

- `df-print` --- параметр важный для html документов, позволяющий выбрать один из возможных способов отображения датафреймов
- `df-print` --- важный для html документов параметр, позволяющий выбрать один из возможных способов отображения датафреймов
- `default` --- стандартный, как в консоли;
- `tibble` --- стандартный, как в консоли, но в формате tibble;
- `kable` --- минималистичный вариант, подходит для всех видов документов;
Expand Down
Loading

0 comments on commit d31ef4c

Please sign in to comment.