1.6.2

🐛 Corrections

• Correction du chargement de la configuration

1.6.1

🚀 Nouveautés

• Possibilité de surcoucher les fichiers du dossier static en les plaçant avec le même nom dans le dossier custom (#496)
  • Par exemple pour surcoucher le pictogrammes des mammifères, mettre le votre dans custom/images/picto_Mammiferes.png
• Possibilité de customiser le fichier navbar.html (déplacé dans le dossier static/custom/templates) (#496)
• Ajout d'un linter pour le code python (black)

⚠️ Notes de version

• Si l'application n'est pas à la racine du serveur (par exemple avec /atlas), la configuration Apache est à modifier et devient :

  <Location /atlas>
      ProxyPass  http://127.0.0.1:8080/atlas
      ProxyPassReverse  http://127.0.0.1:8080/atlas
  </Location>
  

• Copier le fichier navbar.html dans le dossier atlas/static/custom/templates/ :

  cp atlas/static/custom/templates/navbar.html.sample atlas/static/custom/templates/navbar.html
  

1.6.0

🚀 Nouveautés

• Ajout du paramètre DISPLAY_OBSERVERS permettant de masquer les observateurs des fiches espèces (#439 par @mvergez)
• [Docker] Ajout d'un fichier Dockerfile permettant de dockeriser GeoNature-atlas (#470)
• [Docker] Ajout d'une Github action publiant automatiquement les images Docker de GeoNature-atlas
• [Docker] Ajout des scripts docker_startup.sh et docker_install_atlas_schema.sh (sera exécuté au démarrage du container si la variable d'environnement ATLAS_INSTALL_SCHEMA est à true) (#470)
• Possibilité de définir le chemin vers le fichier de config avec ATLAS_SETTINGS (par défaut atlas/configuration/config.py) (#470)
• Possibilité de définir le chemin vers le dossier des templates avec ATLAS_TEMPLATE_FOLDER (par défaut .) (#470)
• Possibilité de définir le chemin vers le dossier des templates avec ATLAS_STATIC_FOLDER (par défaut atlas/static) (#470)
• Gestion du proxy avec ProxyFix (#470)
• Mise à jour de Flask en version 2 et de nombreuses dépendances Python (#470)

🐛 Corrections

• Corrections linguistiques (#383 par @Splendens)
• Correction d'une traduction (#433 par @mvergez)
• Harmonisation et correction des fiches organismes (#382, #384 par @Splendens)
• Correction de l'affichage des pictos des groupes 2 INPN quand leur nom contient un accent (#380 par @Splendens)
• Amélioration de l'affichage des logos des organismes sur la page d'accueil (#381 par @Splendens)
• Affichage de lb_nom en italique (#387 par @Splendens)
• Affichage HTML du titre du média principal dans les fiches espèce (#420 par @joelclems)
• Correction du scroll infini de la galerie photo (#430 par @mvergez)
• Correction des liens vers les fiches espèces dans la galerie photo
• Correction du lien vers les fiches espèces dans la galerie photo (#459 par @jpm-cbna)
• Correction du bouton de tri (aléatoire ou nombre d'observation) dans la galerie photo
• Amélioration du lien vers la fiche d'un taxon depuis la galerie photo (#432 par @mvergez)
• Correction de l'affichage de la liste des taxons sur les fiches communes (#445 par @mvergez)
• Prise en compte des cas où le SRID est différent de 2154 lors de la création de atlas.t_mailles_territoire (#417 par @joelclems)
• Harmonisation de l'affichage du picto group2_inpn (#424, #425, #426, #427, #429 par @missT)
• Affichage en double de la légende quand le slider était manipulé (#452 par @mvergez)
• Exclusion des médias supprimés dans la vue vm_medias (#458 par @jpm-cbna)
• Spécification du port de base de données dans le script install_db.sh (#422 par @geobrun)
• Correction des photos lors du scroll dans les fiches des communes (#448 par @mvergez)
• Affichage cartographique sur la page "Recherche avancée" (#486)
• Support des cd_ref négatifs

🐛 Optimisations

• Optimisation de la requête de sélection des "Nouvelles espèces observées" (#455 par @andriacap)
• Mise en cache des statistiques de la page d'accueil (#400 par @TheoLechemia)
• Optimisation et ajout d'index sur la vue atlas.vm_cor_taxon_organism (#463 par @jpm-cbna)
• Redirection des URL des fiches espèces des synonymes vers les noms de référence (#388 par @jpm-cbna)
• Suppression des requêtes inutiles sur la page d'accueil (#275 par @jpm-cbna)
• Nettoyage et optimisation du code (#395, #407, #396, #394 par @jpm-cbna)
• Ajout du paramètre permettant de recharger automatiquement les templates (#431 par @mvergez)

⚠️ Notes de version

Si vous mettez à jour GeoNature-atlas :

• Exécutez le script SQL de mise à jour de la BDD : https://github.com/PnX-SI/GeoNature-atlas/blob/master/data/update/update_1.5.2to1.6.0.sql
• Dans le fichier de configuration config.py, changez le nom du paramètre database_connection en SQLALCHEMY_DATABASE_URI
• Si vous utilisiez le paramètre ANONYMIZE, celui-ci est à remplacer par ORGANISM_MODULE et DISPLAY_OBSERVERS qui permettent d'afficher ou non indépendamment les organismes et les observateurs
• Suivez la procédure classique de mise à jour de l'application

1.5.1

🐛 Corrections

• Ajout de l'utilisation de nvm dans le script install_app.sh (par @gildeluermoz)
• Nettoyage de la documentation (par @gildeluermoz)
• Mise à jour de la version du schéma taxonomie pour une installation sans GeoNature (par @gildeluermoz)

⚠️ Notes de version

Si vous mettez à jour GeoNature-atlas :

• Vous pouvez passer directement à cette version, mais en suivant les notes de versions intermédiaires
• Télécharger et installer nvm :

  wget -qO- https://raw.githubusercontent.com/nvm-sh/nvm/v0.38.0/install.sh | bash
  
  export NVM_DIR="$([ -z "${XDG_CONFIG_HOME-}" ] && printf %s "${HOME}/.nvm" || printf %s "${XDG_CONFIG_HOME}/nvm")"
  [ -s "$NVM_DIR/nvm.sh" ] && \. "$NVM_DIR/nvm.sh" # This loads nvm
  

• Suivez la procédure classique de mise à jour de l'application.

1.5.0

🚀 Nouveautés

1. Affichage des organismes (#291 par @corentinlange)

• Affichage des organismes activable avec le paramètre ORGANISM_MODULE (désactivé par défaut) (#325)
• Affichage des organismes ayant fourni des données d'une espèce dans la fiche espèce (#315)
• Intégration du bandeau organisme sur la page d'accueil (#245 par @Splendens)
• Création de fiches organismes, avec logo, nom, nombre de données, espèces les plus observées et familles de taxons observés par un organisme (#291)

2. Multilingue (#175 par @TheMagicia et @corentinlange)

• Mise en place du multilingue (activable avec le paramètre MULTILINGUAL) avec les fichiers de langue de traduction de l'interface en français, anglais et italien
• Langue détectée automatiquement en fonction de la langue du navigateur
• Possibilité pour l'utilisateur de basculer sur une autre langue disponible
• Optimisation du multilingue pour le référencement par les moteurs de recherche
• Redirection automatique des URL sans clé de langue pour le référencement et les anciennes URL
• Documentation (docs/multilingual.rst)

3. Bootstrap 4 (#233 par @lpofredc)

• Mise à jour de Bootstrap version 3 à 4 (#230)
• Remplacement de la police d'icônes Glyphicon par Font Awesome
• Correction de l'absence de la hiérarchie sur les fiches taxons
• Restructuration des templates (avec includes & blocks) et mutualisation des parties partagées
• Refonte de la page commune, notamment en fixant la carte et en ne scrollant que dans la liste (#79)
• Remplacement de la librairie des graphiques morris/D3 par Chart.js (#164)
• Ajout d'un fichier sitemap.xml à la racine de l'application, autogénéré pour optimiser le référencement par les moteurs de recherche (#44)
• Ajout d'un fichier robots.txt à la racine de l'application, à partir d'un template customisable, pour indiquer aux moteurs de recherche les pages qu'ils peuvent indexer ou non (#223)
• Utilisation des zonages activés uniquement dans le ref_geo (enable = true)
• Possibilité de customiser en CSS la couleur des contours des objets sur les cartes (mailles, territoire, zonages)
• Corrections de la hiérarchie taxonomique
• Possibilité de masquer les observateurs avec le nouveau paramètre ANONYMIZE
• Possibilité que les liens dans le menu latéral soient des liens externes (en remplaçant la clé template par la clé url au niveau du paramètre STATIC_PAGES)

4. Nouvelles espèces

• Ajout d'un bloc "Nouvelles espèces observées" sur la page d'accueil, permettant d'afficher les dernières espèces découvertes (première observation d'une espèce) sur le territoire (#85 par @MathildeLeclerc)

5. Autres

• Possibilité d'afficher l’échelle sur la carte avec le paramètre ENABLE_SCALE (#293 par @mvergez)
• Possibilité d'ajouter un masque sur la carte en dehors du territoire avec le paramètre MASK_STYLE (#89 par @mvergez)
• Ajout de pictos manquants (#272 par @jpm-cbna)

6. Développement

• Support de Debian 11
• Installation découpée (#332 et #349 par @corentinlange)
• Mise en place de npm pour installer les dépendances (#310 par @corentinlange)
• Mise en place de la structure de tests Backend (avec Pytest) et Frontend (avec Jest) (#297 et #316)
• Remplacement de supervisor par systemd
• Ajout d'un paramètre de définition du timeout de gunicorn (#271 par @jpm-cbna)
• Mise à jour des dépendances
• Réorganisation du code et packaging
• Ajout d'une page de recherche avancée, permettant d'afficher les observations par maille de 3 espèces en même temps, à tester et finaliser (#313 par @lpofredc)
• Ajout de la possibilité de proposer d'autres types de zonages que les communes, à tester, génériciser et finaliser (#209 par @lpofredc)

🐛 Corrections

• Retrait des -n dans le fichier d'installation (#306 par @corentinlange)
• Correction de l'API searchCommune en fermant les sessions DB (#277 par @jpm-cbna)

⚠️ Notes de version

Si vous mettez à jour GeoNature-atlas :

• Stopper le service atlas de supervisor (sudo supervisorctl stop atlas). Supprimez également le fichier de configuration supervisor de l'atlas (sudo supervisorctl remove atlas && sudo rm /etc/supervisor/conf.d/atlas-service.conf && sudo supervisorctl reread)
• Ajouter la variable SECRET_KEY au fichier config.py (utilisée pour chiffrer la session), et remplissez-la avec une chaine de texte aléatoire.
• Relancer l'installation complète de la BDD car de nombreux éléments ont évolué, en lancant le script install_db.sh, après avoir passé le paramètre drop_apps_db à true dans le fichier settings.ini. Cela va complètement supprimer et recréer votre BDD de GeoNature-atlas. Si vous aviez modifié la vue synthese.syntheseff ou des vues matérialisées, vous devrez reporter ces modifications après la réinstallation de la BDD de GeoNature-atlas.
  Si votre GeoNature-atlas est connecté à une BDD GeoNature distante, vous devez au préalable étendre les droits de lecture de l'utilisateur PostgreSQL utilisé pour lire les données au niveau de cette BDD GeoNature source (https://github.com/PnX-SI/GeoNature-atlas/blob/master/atlas/configuration/settings.ini.sample#L65) :

  GRANT USAGE ON SCHEMA utilisateurs, gn_meta TO geonatatlas;
  GRANT SELECT ON ALL TABLES IN SCHEMA utilisateurs, gn_meta TO geonatatlas;
  

• Suivez la procédure classique de mise à jour de l'application.
• Le nom du service systemd est désormais geonature-atlas
• Les logs sont désormais dans /var/log/geonature-atlas.log. Vous pouvez supprimer le répertoire log à la racine de l'atlas qui est obsolète.

1.4.2

🐛 Corrections

• Désactivation de la route des observations ponctuelles quand l'atlas est paramétre en mode mailles (#237 par @lpofredc)
• Correction de l'affichage des rangs taxonomiques sur les fiches espèces
• Ajout d'index sur les vues matérialisées atlas.t_layer_territoire et atlas.t_mailles_territoire pour pouvoir les rafraichir en parallèle (#254 et #260)
• Correction des observations dupliquées dans les fiches communes (#225 par @jpm-cbna)
• Correction des liens vers les fiches espèce depuis la carte de la page d'accueil en mode mailles (#221 par @jpm-cbna et @lpofredc)
• Correction du spinner pour la recherche par commune (#227 par @jpm-cbna)
• Corrections CSS supprimant un scroll horizontal global (par @jpm-cbna) et un problème de positionnement sur la page de présentation
• Mise à jour de la dépendance Python SQLAlchemy en version 1.3.19
• Clarification de la documentation et du fichier d'exemple de settings.ini

⚠️ Notes de version

• Si vous mettez à jour l'application, exécutez le script SQL de mise à jour de la BDD : https://github.com/PnX-SI/GeoNature-atlas/blob/master/data/update_1.4.1to1.4.2.sql
• Si vous disposiez d'un GeoNature de version inférieure à 2.5 et que vous passez à cette version, adaptez la table étrangère : ALTER FOREIGN TABLE synthese.synthese DROP id_nomenclature_obs_meth;
• Suivez la procédure classique de mise à jour : https://github.com/PnX-SI/GeoNature-atlas/blob/master/docs/installation.rst#mise-%C3%A0-jour-de-lapplication

1.4.1

🐛 Corrections

• Correction de syntaxe dans le fichier exemple de la configuration config.py.example (#206 et #208)
• Correction du responsive sur la page d'accueil
• Correction du slider d'année sur les fiches espèce en mode maille
• Correction d'un import python incorrect (#205)
• Corrections mineures et mise en forme de la documentation
• Requete get_taxon : utilisation get_or_none au lieu de prendre l'index 0 de la liste (#207)
• Correction de la serialisation de la route des observations ponctuelles (doit contenir la clé year pour que le slider fonctionne)

⚠️ Notes de version

• Release corrective mineure
• Si vous effectuez une montée de version, la correction du responsive nécessite une correction sur le fichier du customisation introduction.html. Supprimer simplement la première balise <div class="col-sm-12"> et sa balise fermante correspondante (à la dernière ligne du fichier).
• Suivez la procédure classique de mise à jour : https://github.com/PnX-SI/GeoNature-atlas/blob/master/docs/installation.rst#mise-%C3%A0-jour-de-lapplication

1.4.0

🚀 Nouveautés

• Compatible avec GeoNature version 2 et connexion possible au réferentiel géographique (#162)
• Fiches espèce : les mailles ne sont plus dupliquées pour améliorer les performances (#53)
• Passage à Python 3 (par @aroche)
• Prise en compte de la dégradation des données (centroïde de la géométrie dégradée) de GeoNature, basé sur les niveaux de diffusion du SINP (voir http://standards-sinp.mnhn.fr/nomenclature/5-niveaux-de-precision-de-diffusion-souhaites-niveauprecision-23-06-2016/)
• Amélioration du module de recherche de taxons (AJAX + trigrammes) (par @aroche)
• Amélioration du module de recherche de commune (AJAX) (par @aroche)
• Chargement "paresseux" des images dans les listes de taxons et la page d'accueil (par @aroche)
• Mise en place de valeurs de paramètres par défaut, surcouchables si besoin. Vérification des paramètres de configuration grâce à Marshmallow et passage de paramètres par défaut si paramètres absents
• Simplification du passage de la configuration aux routes
• Ajout de la description, de la licence et de la source sur les médias (par @sig-pnrnm)
• Formatage des grands nombres (par @jbdesbas)
• Ordonnancement des noms de communes par longueur (#193) (par @jbdesbas)
• Standardisation GeoJson des API
• Ajout de fonctions SQL pour rafraichir uniquement les vues matérialisées des données dans l'ordre (atlas.refresh_materialized_view_data()) ou uniquement les données géographiques plus stables (atlas.refresh_materialized_view_ref_geo())
• Possibilité de masquer le slider de la carte des fiches espèces (ENABLE_SLIDER)
• Possibilité de limiter l'étendue de la carte (paramètre MAX_BOUNDS) (par @jbdesbas)
• Ajout du paramètre REDIMENSIONNEMENT_IMAGE qui active ou non le redimmensionnement à la volée par TaxHub
• Ajout du paramètre DISPLAY_PATRIMONIALITE qui contrôle l'affichage du logo "patrimonial" sur les fiches espèce et les listes
• Rafraîchissement du graphisme
• Facilitation de la customisation grâce à des variables CSS
• Compléments divers de la documentation (/docs/)

🐛 Corrections

• Renommage du répertoire main en atlas
• Suppression du paramètre COLONNES_RANG_STAT (calculé)
• Suppression du paramètre IGNAPIKEY (le passer directement dans les variables MAP.FIRST_MAP et MAP.SECOND_MAP)
• Corrections diverses (par @xavyeah39 et @RomainBaghi)

⚠️ Notes de version

Si vous souhaitez connecter l'atlas à GeoNature 2, préferez une nouvelle installation de GeoNature-atlas 1.4.0, plutôt qu'une migration.

Dans le cas contraire, suivez les instructions suivantes :

• Ajouter l'extension Trigramme à PostgreSQL :

sudo ls
sudo -n -u postgres -s psql -d $db_name -c "CREATE EXTENSION IF NOT EXISTS pg_trgm;"

Lancer le script de migration update_1.3.2to1.4.0.sql (https://github.com/PnX-SI/GeoNature-atlas/blob/master/data/update_1.3.2to1.4.0.sql) avec l'utilisateur lecteur de l'application (cf settings.ini : user_pg)

• Des nouvelles variables CSS permettent de customiser les couleurs de l'application. Vous pouvez ajouter les variables ci-dessous au fichier static/custom/custom.css et les adapter à votre contexte (les variables --main-color et --second-color sont les couleurs principalement utilisées : bouton, scrollbar, navbar etc...)

:root {
  --main-color: #82c91e;
  --second-color: #649b18;
}

Suivez ensuite les instructions suivantes :

• Télécharger puis dézipper la nouvelle version de l'atlas.

cd /home/`whoami`
wget https://github.com/PnX-SI/GeoNature-atlas/archive/X.Y.Z.zip
unzip X.Y.Z 
rm X.Y.Z

• Renommer l'ancienne version de l'atlas puis la nouvelle version.

mv /home/`whoami`/atlas/ /home/`whoami`/atlas_old/
mv GeoNature-atlas-X.Y.Z /home/`whoami`/atlas/

• Copier les fichiers settings.ini et config.py depuis l'ancienne version vers la nouvelle pour récupérer vos paramètres de configuration :

cd atlas
cp ../atlas_old/main/configuration/settings.ini atlas/configuration/settings.ini
cp ../atlas_old/main/configuration/config.py atlas/configuration/config.py

• Ouvrir le fichier settings.ini pour y rajouter le nouveau paramètre suivant (laisser la valeur fournie) :

python_executable=/usr/bin/python3

• Le passage à Python 3 nécessite quelques évolutions dans le fichier config.py : il faut supprimer tous les appels à la fonction unicode). Ouvrez-le, puis supprimer la ligne 20 STRUCTURE = unicode(STRUCTURE, 'utf-8'), la ligne 24 NOM_APPLICATION = unicode(NOM_APPLICATION, 'utf-8') et les lignes 113-114 for i in range(len(RANG_STAT_FR)): RANG_STAT_FR[i]=unicode( RANG_STAT_FR[i], 'utf-8')

• Dans le fichier config.py, supprimer le paramètre IGNAPIKEY et intégrer votre clé IGN directement dans les variables FIRST_MAP et SECOND_MAP.

• Si le redimensionnement d'image était activé, passer la variable REDIMENSIONNEMENT_IMAGE à True dans le fichier de configuration config.py

• Copier le contenu du répertoire static/custom/ depuis l'ancienne version vers la nouvelle pour récupérer toute votre customisation (CSS, templates, images...) :

cp -aR ../atlas_old/static/custom/ ./static

• Relancez l'installation automatique de l'application :

./install_app.sh

• Relancer l'application

sudo supervisorctl restart atlas

1.3.2

Corrections

• Correction erreur d'import inutilisé dans initAtlas.py

1.3.1

Corrections

• Correction de l'installation autonome (sans GeoNature)
• Correction et documentation si l'atlas est accessible dans un sous-répertoire du domaine
• Correction d'une coquille dans le SQL. Merci @lpofredc