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Previsione delle crisi 🧠

Descrizione

Questo repository contiene lo sviluppo del progetto finale del titolo di Ingegneria Biomedica, realizzato da Matías N. Sosa e Cristian E. Morilla. L'idea è di effettuare uno studio comparativo di diverse tecniche di Deep Learning moderne per prevedere il periodo pre-ictale, ovvero il periodo prima del periodo convulsivo. Ciò verrà fatto utilizzando i dati EEG.

Organizzazione L'organizzazione del repository è la seguente:

├───📁 src/
│   ├───📁 demos/
│   │   ├───...
│   ├───📁 notebooks/
│   │   └───...
│   ├───📁 sz_utils/
│   │   └───...
│   ├───📄 visualizer.py
│   ├───📄 config.py
│   └───📄 setup.py
├───📄 Makefile
├───📄 README.md
└───📄 requirements.txt

Nella cartella src abbiamo il codice sorgente del progetto. Nella cartella notebooks abbiamo i diversi notebook Jupyter che abbiamo utilizzato per esplorare i dati e per pensare a alcuni processi. In sz_utils ci sono file python importanti. Nel file preprocess, abbiamo il codice che abbiamo utilizzato per preprocessare i dati. Il modulo data_handler è quello che abbiamo creato e utilizzato per gestire i dati di CHB. Il file Makefile viene utilizzato per automatizzare l'esecuzione dei diversi script. Il file config.py contiene la configurazione del progetto, come i percorsi dei dati, i percorsi dei modelli, ecc. Il file requirements.txt contiene le dipendenze del progetto. Infine, il file visualizer.py contiene il codice per visualizzare i risultati degli esperimenti. Nella cartella demos, abbiamo alcuni script per mostrare come utilizzare i diversi moduli del progetto.

Installazione [utilizzando conda]

  1. conda create -n seizure-prediction python=3.10.4
  2. conda activate seizure-prediction
  3. pip install -r requirements.txt
  4. pip install -e src (questo installerà il progetto come un pacchetto)
  5. Scaricare i dati da https://physionet.org/content/chbmit/1.0.0/. Utilizzando il terminale: wget -r -np -nH --cut-dirs=3 -R index.html* https://physionet.org/files/chbmit/1.0.0/. Se hai già scaricato i dati, puoi saltare questo passaggio.
  6. Modificare il file src/config.py per impostare le percorso dei dati. Ciò che è necessario modificare è la chiave CHB_FOLDER_DIR dell'dizionario di configurazione.

Esecuzione

L'esecuzione verrà effettuata utilizzando il Makefile.

make OPTION

Le diverse opzioni disponibili al momento sono:

  1. web_app: Eseguire l'applicazione web.



🤓 Matías Nicolás Sosa

🤓 Cristian Ezequiel Morilla