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01_sesion3.Rmd

@@ -64,7 +64,7 @@ Eliminando células de baja calidad:
 - Outliers altos para el porcentaje de cuentas de conjuntos de genes especificados (mitocondriales, transcritos spike-in)
 
 
-```{r message=FALSE, warning=FALSE, include=FALSE}
+```{r message=FALSE, warning=FALSE}
 # Control de calidad
 library("scater")
 

docs/compilación-e-instalación-de-paquetes.html

@@ -557,9 +557,9 @@ <h2><span class="header-section-number">16.2</span> Metadatos de una paquetería
 <h3><span class="header-section-number">16.2.1</span> Description<a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#description" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h3>
 <p>El campo Description describe lo que hace tu paquetería. Suele ser extenso, si requieres escribir múltiples líneas, deben estar indentadas.</p>
 <p>Por ejemplo:</p>
-<div class="sourceCode" id="cb310"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb310-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb310-1" tabindex="-1"></a><span class="co"># Description: Este paquete contiene todas las funciones generadas en el curso </span></span>
-<span id="cb310-2"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb310-2" tabindex="-1"></a><span class="co">#   de escritura de paqueterías en R. También contiene las funciones que cada </span></span>
-<span id="cb310-3"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb310-3" tabindex="-1"></a><span class="co">#   participante propuso para solucionar un problema relacionado con su trabajo.</span></span></code></pre></div>
+<div class="sourceCode" id="cb313"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb313-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb313-1" tabindex="-1"></a><span class="co"># Description: Este paquete contiene todas las funciones generadas en el curso </span></span>
+<span id="cb313-2"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb313-2" tabindex="-1"></a><span class="co">#   de escritura de paqueterías en R. También contiene las funciones que cada </span></span>
+<span id="cb313-3"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb313-3" tabindex="-1"></a><span class="co">#   participante propuso para solucionar un problema relacionado con su trabajo.</span></span></code></pre></div>
 </div>
 <div id="dependencias" class="section level3 hasAnchor" number="16.2.2">
 <h3><span class="header-section-number">16.2.2</span> Dependencias<a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#dependencias" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h3>
@@ -576,14 +576,14 @@ <h3><span class="header-section-number">16.2.2</span> Dependencias<a href="compi
 <p><strong>Nota Importante</strong></p>
 <p>Se recomienda listar los paquetes necesarios para el funcionamiento de nuestro paquete en <em>Imports</em> porque cuando se ponen en <em>Depends</em> se cargan los paquetes completos y probablemente solamente requerimos una o dos funciones.</p>
 <p>Cargar demasiados paquetes completos, sin ser necesario, sólo hace que nuestro paquete se vuelva pesado y lento. Es mejor llamar particularmente a las funciones usando la sintaxis explícita:</p>
-<div class="sourceCode" id="cb311"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb311-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb311-1" tabindex="-1"></a>Biostrings<span class="sc">::</span><span class="fu">translate</span>()</span></code></pre></div>
+<div class="sourceCode" id="cb314"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb314-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb314-1" tabindex="-1"></a>Biostrings<span class="sc">::</span><span class="fu">translate</span>()</span></code></pre></div>
 </div>
 <div id="cómo-añadir-dependencias" class="section level3 hasAnchor" number="16.2.3">
 <h3><span class="header-section-number">16.2.3</span> ¿Cómo añadir dependencias?<a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cómo-añadir-dependencias" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h3>
 <ul>
 <li>Usando usethis:</li>
 </ul>
-<div class="sourceCode" id="cb312"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb312-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb312-1" tabindex="-1"></a>usethis<span class="sc">::</span><span class="fu">use_package</span>(<span class="st">&quot;ggplot2&quot;</span>, <span class="at">type =</span> <span class="st">&quot;Imports&quot;</span>)</span></code></pre></div>
+<div class="sourceCode" id="cb315"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb315-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb315-1" tabindex="-1"></a>usethis<span class="sc">::</span><span class="fu">use_package</span>(<span class="st">&quot;ggplot2&quot;</span>, <span class="at">type =</span> <span class="st">&quot;Imports&quot;</span>)</span></code></pre></div>
 <ul>
 <li>Editando manualmente el archivo DESCRIPTION.</li>
 </ul>
@@ -627,22 +627,22 @@ <h2><span class="header-section-number">16.6</span> Instalando la última versi
 <ul>
 <li>Si el paquete se encuentra depositado en CRAN podemos usar la función</li>
 </ul>
-<div class="sourceCode" id="cb313"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb313-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb313-1" tabindex="-1"></a>remotes<span class="sc">::</span><span class="fu">install_dev</span>(<span class="st">&quot;pkgname&quot;</span>)</span></code></pre></div>
+<div class="sourceCode" id="cb316"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb316-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb316-1" tabindex="-1"></a>remotes<span class="sc">::</span><span class="fu">install_dev</span>(<span class="st">&quot;pkgname&quot;</span>)</span></code></pre></div>
 <p>Por ejemplo, para instalar la versión en desarrollo de dplyr usaremos el comando</p>
-<div class="sourceCode" id="cb314"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb314-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb314-1" tabindex="-1"></a>remotes<span class="sc">::</span><span class="fu">install_dev</span>(<span class="st">&quot;dplyr&quot;</span>) </span></code></pre></div>
+<div class="sourceCode" id="cb317"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb317-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb317-1" tabindex="-1"></a>remotes<span class="sc">::</span><span class="fu">install_dev</span>(<span class="st">&quot;dplyr&quot;</span>) </span></code></pre></div>
 <ul>
 <li>Si el paquete se encuentra en Bioconductor usaremos la siguiente función:</li>
 </ul>
-<div class="sourceCode" id="cb315"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb315-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb315-1" tabindex="-1"></a>remotes<span class="sc">::</span><span class="fu">install_bioc</span>(<span class="st">&quot;pkgname&quot;</span>)</span></code></pre></div>
+<div class="sourceCode" id="cb318"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb318-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb318-1" tabindex="-1"></a>remotes<span class="sc">::</span><span class="fu">install_bioc</span>(<span class="st">&quot;pkgname&quot;</span>)</span></code></pre></div>
 <p>Por ejemplo, para instalar la versión en desarrollo de regutools, el paquete desarrollado por miembros de la CDSB, usaremos el comando</p>
-<div class="sourceCode" id="cb316"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb316-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb316-1" tabindex="-1"></a>remotes<span class="sc">::</span><span class="fu">install_bioc</span>(<span class="st">&quot;regutools&quot;</span>)</span></code></pre></div>
+<div class="sourceCode" id="cb319"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb319-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb319-1" tabindex="-1"></a>remotes<span class="sc">::</span><span class="fu">install_bioc</span>(<span class="st">&quot;regutools&quot;</span>)</span></code></pre></div>
 </div>
 <div id="instalando-paquetes-desde-github" class="section level2 hasAnchor" number="16.7">
 <h2><span class="header-section-number">16.7</span> Instalando paquetes desde GitHub<a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#instalando-paquetes-desde-github" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h2>
 <p>Para poder instalar un paquete desde GitHub necesitaremos conocer el usuario del creador y el nombre del repositorio.</p>
-<div class="sourceCode" id="cb317"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb317-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb317-1" tabindex="-1"></a>remotes<span class="sc">::</span><span class="fu">install_github</span>(<span class="st">&quot;usuario/repositorio&quot;</span>)</span></code></pre></div>
+<div class="sourceCode" id="cb320"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb320-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb320-1" tabindex="-1"></a>remotes<span class="sc">::</span><span class="fu">install_github</span>(<span class="st">&quot;usuario/repositorio&quot;</span>)</span></code></pre></div>
 <p>Por ejemplo, para instalar el paquete starwarssay desarrollado por Erick Cuevas (Erickcufe) utilizaremos el siguiente comando:</p>
-<div class="sourceCode" id="cb318"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb318-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb318-1" tabindex="-1"></a>remotes<span class="sc">::</span><span class="fu">install_github</span>(<span class="st">&quot;Erickcufe/starwarssay&quot;</span>)</span></code></pre></div>
+<div class="sourceCode" id="cb321"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb321-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb321-1" tabindex="-1"></a>remotes<span class="sc">::</span><span class="fu">install_github</span>(<span class="st">&quot;Erickcufe/starwarssay&quot;</span>)</span></code></pre></div>
 <p>Independientemente de si el paquete se encuentra en CRAN, Bioconductor, o ninguno de ellos, podemos instalar un paquete depositado en una cuenta de GitHub.</p>
 <p>Para poder instalar un paquete desde GitHub necesitaremos conocer el usuario del creador y el nombre del repositorio donde se encuentra depositado el paquete. Con esta información usaremos la siguiente función:</p>
 </div>
@@ -652,15 +652,15 @@ <h2><span class="header-section-number">16.8</span> Instalando un paquete local<
 <li><p>Paso 1: Abre el proyecto del paquete que estás desarrollando.</p></li>
 <li><p>Paso opcional: Ejecuta la documentación si realizaste algún cambio.</p></li>
 </ul>
-<div class="sourceCode" id="cb319"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb319-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb319-1" tabindex="-1"></a>devtools<span class="sc">::</span><span class="fu">document</span>()</span></code></pre></div>
+<div class="sourceCode" id="cb322"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb322-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb322-1" tabindex="-1"></a>devtools<span class="sc">::</span><span class="fu">document</span>()</span></code></pre></div>
 <ul>
 <li>Paso 2: Construye el paquete:</li>
 </ul>
-<div class="sourceCode" id="cb320"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb320-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb320-1" tabindex="-1"></a>devtools<span class="sc">::</span><span class="fu">build</span>()</span></code></pre></div>
+<div class="sourceCode" id="cb323"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb323-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb323-1" tabindex="-1"></a>devtools<span class="sc">::</span><span class="fu">build</span>()</span></code></pre></div>
 <ul>
 <li>Paso 3: Instala el paquete desde tu proyecto actual:</li>
 </ul>
-<div class="sourceCode" id="cb321"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb321-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb321-1" tabindex="-1"></a>devtools<span class="sc">::</span><span class="fu">install</span>()</span></code></pre></div>
+<div class="sourceCode" id="cb324"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb324-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb324-1" tabindex="-1"></a>devtools<span class="sc">::</span><span class="fu">install</span>()</span></code></pre></div>
 </div>
 <div id="contribuyendo-código" class="section level2 hasAnchor" number="16.9">
 <h2><span class="header-section-number">16.9</span> Contribuyendo código<a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#contribuyendo-código" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h2>