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josschavezf committed Jul 31, 2023
1 parent 98bb232 commit d41828e
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869 changes: 869 additions & 0 deletions docs/control-de-versiones-con-github-y-rstudio.html

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510 changes: 510 additions & 0 deletions docs/diseño-de-pruebas.html

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793 changes: 793 additions & 0 deletions docs/documentación-de-funciones..html

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510 changes: 510 additions & 0 deletions docs/estructura-e-importe-de-datos.html

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510 changes: 510 additions & 0 deletions docs/genes-marcadores.html

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600 changes: 600 additions & 0 deletions docs/index.html

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932 changes: 932 additions & 0 deletions docs/normalización-de-datos.html

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517 changes: 517 additions & 0 deletions docs/proyectos-colaborativos-1.html

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328 changes: 328 additions & 0 deletions docs/proyectos-colaborativos.html

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1,120 changes: 1,120 additions & 0 deletions docs/reducción-de-dimensiones.html

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204 changes: 204 additions & 0 deletions docs/reference-keys.txt
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -0,0 +1,204 @@
fig:unnamed-chunk-110
instructores
ponentes-invitados
ayudantes
temario
patrocinadores
licencia
estructura-e-importe-de-datos
diapositivas
control-de-calidad
material-y-diapositivas
enfoques-o-ideas-principales
por-qué-hay-problemas-con-los-datos
preguntas-básicas-en-control-de-calidad
la-mala-calidad-en-los-datos-puede-ser-debida-a-varios-factores
recomendaciones
tipos-de-filtros
parámetros-empleados-para-evaluar-la-calidad-con-la-función-addpercellqc
ejemplo-linea-celular-416-en-ratón
paquetes-e-importar-los-datos-en-r
anotación-de-genes
análisis-de-calidad-con-addpercellqc
preguntas-sobre-los-datos
visualización-de-los-datos-crudos
filtro-a-fixed-thresholds
filtro-b-adaptative-thresholds
preguntas-por-resolver
cómo-funciona-isoutlier
consideran-el-batch
visualizacion-grafica-de-las-celulas-de-buena-calidad
identificando-droplets-vacíos-con-datos-de-pbmc
conceptos-basicos
informacion-de-los-datos
visualizacion-de-droplets-vacios
anotacion-de-genes-y-eliminacion-de-doples-vacios
control-de-calidad-1
visualizacion-de-los-datos-con-isee
detalles-de-la-sesión-de-r
normalización-de-datos
material
motivación
datos
primero-se-debe-hacer-el-control-de-calidad
normalización-por-escalamiento-scaling-normalization
normalizacion-por-tamaño-de-biblioteca-library-size-normalization
puntos-finales
normalización-por-deconvolución-deconvolution
puntos-finales-1
transformación-logarítmica
motivación-por-qué-hacemos-esta-transformación
lluvia-de-ideas
otras-normalizaciones
dónde-estamos
adicionales
agradecimientos
detalles-de-la-sesión-de-r-1
selección-de-genes-altamente-variables
diapositivas-1
diapositivas-de-peter-hickey
motivación-1
selección-de-features-genes
dataset-ilustrativo-pbmc4k-10x-sin-filtrar
descargar-datos
anotación
control-de-calidad-2
dataset-ilustrativo-416b
cuantificando-la-varianza-por-gen
varianza-de-los-log-counts
enfoque-simple
un-enfoque-más-sofisticado
supuestos
visualizando-la-media-y-varianza
ordenando-genes-interesantes
coeficiente-de-variación-de-las-cuentas
coeficiente-de-variación
visualizando-el-coeficiente-de-variación
genes-por-coeficiente-de-variación
varianza-de-los-log-counts-vs-coeficiente-de-variación
cuantificando-el-ruido-técnico
en-la-presencia-de-spike-ins
en-la-ausencia-de-spike-ins
recordemos-propiedades-de-los-datos-de-sce.416b
considerando-factores-experimentales
seleccionando-genes-altamante-variables-high-variable-genes-hvgs
seleccionando-hvgs-sobre-la-métrica-de-varianza
estrategias-para-seleccionar-x
seleccionando-hvgs-de-acuerdo-a-su-significancia-estadística
seleccionando-genes-por-arriba-de-la-tendencia-media-varianza
ejercicio-dibujando-los-hvgs
seleccionando-genes-de-interés-a-priori
poniendo-todo-junto
quedándonos-sólo-con-los-hgvs
especificando-los-hgvs
witchcraft-brujería
resumen-y-recomendaciones
recomendaciones-para-empezar
detalles-de-la-sesión-de-r-2
reducción-de-dimensiones
diapositivas-de-peter-hickey-1
motivación-2
reducción-de-dimensionalidad
dataset-ilustrativo-zeisel
dataset-ilustrativo-10x-pbmc4k-no-filtradas
análisis-de-componentes-principales
pca-aplicado-a-datos-de-scrna-seq
suposiciones-de-pca-aplicadas-a-los-datos-de-scrna-seq
eligiendo-el-número-de-pcs
usando-el-punto-del-codo
basados-en-la-estructura-de-la-población
juntando-todo
ejercicio
usando-el-ruido-técnico
qué-pasa-si-calculamos-la-relación-media-varianza-con-la-función-modelgenevar-para-el-dataset-sce.pbmc-anteriormente-usamos-la-función-modelgenevarbypoisson-para-este-propósito
qué-pasa-si-calculamos-el-número-de-pcs-usando-el-ruido-técnico-para-el-dataset-sce.zeisel
reducción-de-dimensionalidad-para-visualización
motivación-3
visualizando-con-pca
retos-y-resumen-de-la-visualización-con-pca
visualización-con-t-sne
retos-de-la-visualización-con-t-sne
preguntas
continuando
visualización-con-umap
preguntas-1
continuando-1
interpretando-las-gráficas
resumen-y-recomendaciones-1
dónde-estamos-1
detalles-de-la-sesión-de-r-3
clustering
dataset-ilustrativo-10x-pbmc4k-no-filtrado
motivación-4
por-qué-no-realizamos-el-clustering-sobre-las-coordenadas-de-t-sneumap
cuál-es-el-verdadero-clustering
clustering-basado-en-grafos
antecedentes
gráfica-de-los-k-vecinos-más-cercanos-k-nearest-neighbour--knn--graph
gráfica-de-los-vecinos-más-próximos-compartidos-snn
gráfica-snn-con-pesos-en-las-aristas
obteniendo-comunidades-a-partir-de-una-gráfica-snn-pesada-mediante-un-algoritmo-de-clustering
resumen-de-clustering-basado-en-grafos
detalles-a-considerar-en-la-implementación
implementación
eligiendo-un-valor-de-k
una-implementación-diferente-estilo-seurat
detalles-de-las-implementaciones-más-comunes
otras-implementaciones
evaluando-la-separación-de-los-clusters
otros-métodos-de-clustering
evaluando-la-estabilidad-de-los-clusters
subclustering
resumen-y-recomendaciones-2
dónde-estamos-2
detalles-de-la-sesión-de-r-4
genes-marcadores
diapositivas-2
anotación-de-tipos-celulares
diapositivas-3
nuevas-funcionalidades-de-rstudio-quarto.
diapositivas-4
control-de-versiones-con-github-y-rstudio
diapositivas-5
por-qué-hacer-control-de-versiones-de-nuestros-proyectos
git
git-vs-controles-de-versión-a-mano
recomendaciones-para-sus-proyectos
proyectos-colaborativos
github
manual-de-sobreviviencia-con-git-y-github-en-rstudio-en-caso-de-ser-necesario
cómo-clonar-un-repositorio-y-tener-conecciónpermisos-para-modificarlo
credenciales-https-en-cache
actividad
conectando-rstudio-con-git-y-github.
github-primero-rstudio-después
actividad-1
comentar-pull-y-push
rmarkdown-en-github
actividad-2
rstudio-primero-y-github-también
proyecto-existente-github-al-final
breviario-cultural-con-los-pats
git-basics-commands
merge-conflics
merge-conflics-1
en-resumen
solución-de-problemas-con-las-versiones-de-paquetes-de-rstudio.
diapositivas-6
keynote-convirtiendo-tu-flujo-de-análisis-en-un-paquete-de-rbioconductor.
diapositivas-7
documentación-de-funciones.
diapositivas-8
links-importantes
que-es-la-documentacion-de-una-función-y-por-qué-es-impotante
generacion-de-la-documentacion-con-ayuda-del-paquete-roxygen
antes-de-empezar
generacion-de-un-bloque-de-documentacion-con-ayuda-del-paquete-roxygen.
otros-campos-de-la-documentacion.
diseño-de-pruebas
diapositivas-9
creación-de-viñetas
diapositivas-10
compilación-e-instalación-de-paquetes
diapositivas-11
proyectos-colaborativos-1
1 change: 1 addition & 0 deletions docs/search_index.json

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