Update delivery report descriptions and add apptag versioning (#3382)

### Added
- Apptag version to apptag description and ordering sections
### Changed
- Some delivery report text

cg/meta/report/templates/macros/data_analysis/limitations.html

@@ -12,7 +12,7 @@ <h4 class="mt-4 mb-3">Teknisk beskrivning och begränsningar av analysen</h4>
     <tbody>
       {% for application in applications %}
       <tr>
-        <th scope="row">{{ application.tag }}</th>
+        <th scope="row">{{ application.tag }} (v{{ application.version }})</th>
         <td class="text-start">{{ application.description }}</td>
         <td class="text-start">{{ application.details }}</td>
         <td class="text-start">

cg/meta/report/templates/macros/data_analysis/qc_metrics/balsamic_qc_metrics.html

@@ -4,9 +4,9 @@
   {% set
     metrics = [
       {"name": "Läspar [M]",                  "key": "million_read_pairs", "description": "Antal sekvenseringsläsningar i miljoner läspar."},
-      {"name": "Duplikat [%]",                "key": "duplicates",         "description": "Sekvenseringsläsningar som är i duplikat och därmed ej unika sekvenser. Hög mängd duplikat kan tyda på dålig komplexitet av sekvenserad bibliotek eller djup sekvensering."},
-      {"name": "Medelfragmentlängd [baspar]", "key": "mean_insert_size",   "description": "Medelstorlek av provbiblioteken som laddats på sekvenseringsinstrument. < 200bp kan tyda på degraderade provmaterial (t.ex. FFPE), innan biblioteksberedning."},
-      {"name": "Fold 80 base penalty",        "key": "fold_80",            "description": "Jämnhet av täckningsgraden över alla gener i analyspanlen. Ett värde mellan 1.0-1.8 visar god jämnhet."},
+      {"name": "Duplikat [%]",                "key": "duplicates",         "description": "Sekvenseringsläsningar som är i duplikat och därmed ej unika sekvenser. Hög mängd duplikat kan tyda på dålig komplexitet av sekvenserat bibliotek eller djup sekvensering."},
+      {"name": "Medelfragmentlängd [baspar]", "key": "mean_insert_size",   "description": "Medelstorlek av provbiblioteken som laddats på sekvenseringsinstrument."},
+      {"name": "Fold 80 base penalty",        "key": "fold_80",            "description": "Jämnhet av täckningsgraden över alla gener i analyspanlen."},
     ]
   %}
   {% if "helgenomsekvensering" in analysis_type %}

cg/meta/report/templates/macros/data_analysis/qc_metrics/mip_dna_qc_metrics.html

@@ -6,8 +6,8 @@
       {"name": "Kön",                   "key": "gender",               "description": "Kön beräknat genom bioinformatisk analys."},
       {"name": "Läspar [M]",            "key": "million_read_pairs",   "description": "Antal sekvenseringsläsningar i miljoner läspar."},
       {"name": "Mappade sekvenser [%]", "key": "mapped_reads",         "description": "Procent sekvenser som matchar en eller flera positioner i referensgenomet."},
-      {"name": "Medelsekvensdjup",      "key": "mean_target_coverage", "description": "Medelvärdet av täckningsgraden i baser över en genomisk region."},
-      {"name": "Täckningsgrad 10x [%]", "key": "pct_10x",              "description": "Andel baser som är sekvenserade med ett djup över en specificerad gräns (10x). Det beräknas efter borttagning av duplikata läsningar."},
+      {"name": "Medelsekvensdjup",      "key": "mean_target_coverage", "description": "Medelvärdet av täckningsgraden i baser över genpanelen/genpanelerna angivna under dataanalys."},
+      {"name": "Täckningsgrad 10x [%]", "key": "pct_10x",              "description": "Andel baser som är sekvenserade med ett djup över en specificerad gräns (10x) över genpanelen/genpanelerna angivna under dataanalys. Det beräknas efter borttagning av duplikata läsningar."},
       {"name": "Duplikat [%]",          "key": "duplicates",           "description": "Sekvenseringsläsningar som är duplikat (kopior) och därmed ej unika sekvenser. Hög mängd duplikat kan tyda på dålig komplexitet av sekvenserat bibliotek eller djup sekvensering."},
     ]
   %}

cg/meta/report/templates/macros/data_analysis/qc_metrics/qc_metrics.html

@@ -1,9 +1,9 @@
 {% macro qc_metrics(samples, metrics) %}
-  <h4 class="mt-4 mb-3">Kvalitetskontrollsmetrik</h4>
+  <h4 class="mt-4 mb-3">Kvalitetsmått</h4>
   <table class="table w-auto text-center align-middle" aria-describedby="qc-metrics-table">
     <thead class="table-secondary">
       <tr>
-        <th scope="col">Metrik</th>
+        <th scope="col">Kvalitetsmått</th>
         {% for sample in samples %}
           <th scope="col">{{ sample.name }} ({{ sample.id }})</th>
         {% endfor %}

cg/meta/report/templates/macros/order.html

@@ -31,7 +31,7 @@ <h3 class="mb-4">Beställning</h3>
             <td>{{ sample.name }} ({{ sample.id }})</td>
             <td>{{ sample.timestamps.ordered_at }}</td>
             <td>{{ sample.ticket }}</td>
-            <td>{{ sample.application.tag }}</td>
+            <td>{{ sample.application.tag }} (v{{ sample.application.version }})</td>
             <td>{% if customer_workflow != "taxprofiler" %} {{ sample.gender }} {% endif %}</td>
             <td>{{ sample.source }}</td>
             <!-- Sample status value -->

cg/meta/report/templates/macros/uploaded_files/mip_dna_uploaded_files.html

@@ -33,7 +33,7 @@
       {% endif %}
       {% if scout_files.smn_tsv != "N/A" %}
         <tr>
-          <th scope="row">SMN CN varianter</th>
+          <th scope="row">SMN CNVs</th>
           <td>{{ scout_files.smn_tsv.replace(case_id, case_name) }}</td>
         </tr>
       {% endif %}