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acer=0;
%
if acer==0
addpath('/home/raleman/Documents/MATLAB/analysis-tools-master'); %Open Ephys data loader.
addpath('/home/raleman/Documents/GitHub/CorticoHippocampal')
addpath('/home/raleman/Documents/internship')
else
addpath('D:\internship\analysis-tools-master'); %Open Ephys data loader.
addpath('C:\Users\Welt Meister\Documents\Donders\CorticoHippocampal\CorticoHippocampal')
end
%%
%Rat=26;
for Rat=1:1
rats=[26 27 21];
Rat=rats(Rat);
if Rat==26
nFF=[
% {'rat26_Base_II_2016-03-24' }
% {'rat26_Base_II_2016-03-24_09-47-13' }
% {'rat26_Base_II_2016-03-24_12-55-58' }
% {'rat26_Base_II_2016-03-24_12-57-57' }
{'rat26_nl_base_III_2016-03-30_10-32-57' }
{'rat26_nl_base_II_2016-03-28_10-40-19' }
{'rat26_nl_baseline2016-03-01_11-01-55' }
{'rat26_plusmaze_base_2016-03-08_10-24-41'}
{'rat26_novelty_I_2016-04-12_10-05-55' }
{'rat26_novelty_II_2016-04-13_10-23-29' }
{'rat26_for_2016-03-21_10-38-54' }
{'rat26_for_II_2016-03-23_10-49-50' }
];
% labelconditions=[
% {'Baseline_1'
% 'Baseline_2'}
% 'Baseline_3'
% 'PlusMaze'
% 'Novelty_1'
% 'Novelty_2'
% 'Foraging_1'
% 'Foraging_2'
% ];
labelconditions=[
{
'Baseline_1'}
'Baseline_2'
'Baseline_3'
'PlusMaze'
'Novelty_1'
'Novelty_2'
'Foraging_1'
'Foraging_2'
];
end
if Rat==27
nFF=[
{'rat27_nl_base_2016-03-28_15-01-17' }
{'rat27_NL_baseline_2016-02-26_12-50-26' }
{'rat27_nl_base_III_2016-03-30_14-36-57' }
{'rat27_plusmaze_base_2016-03-14_14-52-48' }
{'rat27_plusmaze_base_II_2016-03-24_14-10-08' }
{'rat27_for_2016-03-21_15-03-05' }
{'Rat27_for_II_2016-03-23_15-06-59' }
%{'rat27_novelty_II_2016-04-13_14-37-58' } %NO .MAT files found.
%{'rat27_novelty_II_2016-04-13_16-29-42' } %No (complete).MAT files found.
{'rat27_novelty_I_2016-04-11_14-34-55' }
% {'rat27_plusmaze_dis_2016-03-10_14-35-18' }
% {'rat27_plusmaze_dis_II_2016-03-16_14-36-07' }
% {'rat27_plusmaze_dis_II_2016-03-18_14-46-24' }
% {'rat27_plusmaze_jit_2016-03-08_14-46-31' }
% {'rat27_plusmaze_jit_II_2016-03-16_15-02-27' }
% {'rat27_plusmaze_swrd_qPCR_2016-04-15_14-28-41' }
% {'rat27_watermaze_dis_morning_2016-04-06_10-18-36' }
% {'rat27_watermaze_jitter_afternoon_2016-04-06_15-41-51'}
]
labelconditions=[
{
'Baseline_1'}
'Baseline_2'
'Baseline_3'
'PlusMaze_1'
'PlusMaze_2'
'Foraging_1'
'Foraging_2'
'Novelty_1'
];
end
if Rat==21
nFF=[
{'2015-11-27_13-50-07 5h baseline' }
{'rat21 baselin2015-12-11_12-52-58' }
{'rat21_learningbaseline2_2015-12-10_15-24-17' }
{'rat21with45minlearning_2015-12-02_14-25-12' }
%{'rat21t_maze_2015-12-14_13-29-07' }
{'rat21 post t-maze 2015-12-14_13-30-52' }
];
%%
labelconditions=[
{
'Learning Baseline'
}
'45minLearning'
'Novelty_2'
't-maze'
'Post t-maze'
];
end
%% Go to main directory
if acer==0
cd(strcat('/home/raleman/Documents/internship/',num2str(Rat)))
addpath /home/raleman/Documents/internship/fieldtrip-master/
cd /home/raleman/Documents/internship/fieldtrip-master
InitFieldtrip()
cd(strcat('/home/raleman/Documents/internship/',num2str(Rat)))
clc
else
cd(strcat('D:\internship\',num2str(Rat)))
addpath D:\internship\fieldtrip-master
cd D:\internship\fieldtrip-master
InitFieldtrip()
% cd(strcat('/home/raleman/Documents/internship/',num2str(Rat)))
cd(strcat('D:\internship\',num2str(Rat)))
clc
end
%% Select experiment to perform.
inter=1;
granger=0;
%Select length of window in seconds:
ro=[1200];
coher=0;
selectripples=1;
mergebaseline=1;
nrem=3;
notch=0;
%%
%Make labels
label1=cell(7,1);
label1{1}='Hippocampus';
label1{2}='Hippocampus';
label1{3}='Parietal';
label1{4}='Parietal';
label1{5}='PFC';
label1{6}='PFC';
label1{7}='Reference';
label2=cell(7,1);
label2{1}='Monopolar';
label2{2}='Bipolar';
label2{3}='Monopolar';
label2{4}='Bipolar';
label2{5}='Monopolar';
label2{6}='Bipolar';
label2{7}='Monopolar';
%%
%clearvars -except nFF iii labelconditions inter granger Rat ro label1 label2 coher selectripples acer mergebaseline nr_27 nr_26 co_26 co_27 nrem notch
% for level=1:1
for w=1:1
if Rat==21
myColorMap = jet(5);
else
myColorMap = jet(8);
end
% colormap(myColorMap);
NCount=nan(length(nFF),1);
if Rat==26 | 27
stt=4;
else
stt=3;
end
%
% stt=1;
for condition=1:3
for iii=stt:length(nFF)
%for level=2:2
myColorMap = jet(24);
% Current condition
if acer==0
cd(strcat('/home/raleman/Documents/internship/',num2str(Rat)))
else
cd(strcat('D:\internship\',num2str(Rat)))
end
cd(nFF{iii})
%Get averaged time signal.
S=load('powercoh.mat');
S=struct2cell(S);
%
%Baseline 1
if acer==0
cd(strcat('/home/raleman/Documents/internship/',num2str(Rat)))
else
cd(strcat('D:\internship\',num2str(Rat)))
end
%cd(nFF{iii})
cd(nFF{condition})
%Get averaged time signal.
S1=load('powercoh.mat');
S1=struct2cell(S1);
% % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % %Baseline 2
% % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % if acer==0
% % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % cd(strcat('/home/raleman/Documents/internship/',num2str(Rat)))
% % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % else
% % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % cd(strcat('D:\internship\',num2str(Rat)))
% % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % end
% % % % % % % % % % % % % % % % % % % % %
% % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % cd(nFF{2})
% % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % %Get averaged time signal.
% % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % S2=load('powercoh.mat');
% % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % S2=struct2cell(S2);
% % % % % % % % % % % % % % % % % % % % %
% % % % % % % % % % % % % % % % % % % % %
% % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % %Baseline 3
% % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % if acer==0
% % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % cd(strcat('/home/raleman/Documents/internship/',num2str(Rat)))
% % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % else
% % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % cd(strcat('D:\internship\',num2str(Rat)))
% % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % end
% % % % % % % % % % % % % % % % % % % % %
% % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % cd(nFF{3})
% % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % %Get averaged time signal.
% % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % S3=load('powercoh.mat');
% % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % S3=struct2cell(S3);
% F: [1001×1 double]
% NC: [2000×2069 double]
% PPx: [1001×1 double]
% f: [1001×1 double]
% nc: [2000×2069 double]
% px: [1001×1 double]
%
% error('stop')
n1=2;
n2=5;
% %With ripples
mr=min([size(S1{n1},2) size(S{n2},2)]);
[va, fa]=mscohere(S1{n1}(:,1:mr),S{n2}(:,1:mr),hann(500),[],[],1000);
%[va, fa]=mscohere(median(S{n1}(:,1:mr),2),median(S{n2}(:,1:mr),2),hann(500),[],[],1000);
%[va, fa]=mscohere(S{2},S1{2},[],[],[],1000);
%[va, fa]=mscohere(S1{5}(:,1).',S{5}(:,1).',[],[],[],1000);
% error('stop')
% s3=mean(S3{5},2);
% s=mean(S{5},2);
% [va,fa]=cohere(mean(S3{5},2),mean(S{5},2),[],1000);
%[va,fa]=mscohere(mean(S1{5},2),mean(S{5},2),[],[],[],1000);
% figure(condition)
% subplot(1,5,iii-(stt-1))
% X=[S{6} S1{6}];
% % % [coeff c]= pca(X);
% % % % plot((c(:,1)),(c(:,2)),'Color',myColorMap(3*iii,:)); grid minor;
% % % gscatter((c(:,1)),(c(:,2)),[],myColorMap(3*iii,:),[],20); grid minor;
% [aver ac]=xcorr(X(:,1),X(:,2),'coeff');
% plot(ac,aver,'Color',myColorMap(3*iii,:))
% hold on
%
% coeff = pca(X.');
% g=plot(S{1},coeff,'LineWidth',2,'Color','k')
% g.FaceColor=[0 1 0];
% xlim([0 30])
% ylim([-0.5 0.5])
figure(condition)
subplot(1,5,iii-(stt-1))
G=area(fa,mean(va,2));
%G=area(fa,va);
G.FaceColor=[1 1 0];
grid minor
%ylim([min(mean(va,2)) 1])
% ylim([0.135 0.16])
% xlim([0 30])
% xlabel('Frequency (Hz)')
% ylabel('Coherence')
xlabel('Frequency (Hz)')
ylabel('Coherence')
title(labelconditions{iii})
% % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % %
% % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % ylim([0 1])
xlim([0 250])
% title(labelconditions{iii})
%
% semilogy(S.F,(S.px/sum(S.px)),'Color',myColorMap(iii*3,:),'LineWidth',2)
%
% hold on
% %plot(f,(px)/sum(px),'Color',myColorMap(level*3,:),'LineWidth',1.5)
% % semilogy(f,(px/sum(px)),'Color',[1 0 0],'LineWidth',2)
% grid on
% ax=gca;
% ax.GridColor=[ 1,1,1];
% % AX=legend('With Ripples','No Ripples (THR 2)');
% % AX.Location= 'southwest';
% xlim([0 250])
% grid minor
% xlabel('Frequency (Hz)')
%ylabel('10 Log(x)')
%ylabel('Normalized Power')
% ylabel('Normalized Power')
%
% %end
% %legend('HPC','PAR','PFC')
% title(strcat('Power after Ripple removal in NREM',{' '} ,label1{2*w-1} ,{' '},'signals'))
% handxlabel1 = get(gca, 'XLabel');
% set(handxlabel1, 'FontSize', 12, 'FontWeight', 'bold')
% handylabel1 = get(gca, 'ylabel');
% set(handylabel1, 'FontSize', 12, 'FontWeight', 'bold')
% handaxes2 = axes('Position', [0.6 0.6 0.3 0.3]);
%
%
% G=area(fa,mean(va,2));
% G.FaceColor=[1 1 0];
% grid minor
%
% %ylim([min(mean(va,2)) 1])
% ylim([0.5 1])
% xlim([0 250])
% % xlabel('Frequency (Hz)')
% % ylabel('Coherence')
% xlabel('Frequency (Hz)','Color','w')
% ylabel('Coherence','Color','w')
% % title('With Ripples vs No Ripples (THR 2)')
% set(gca,'xcolor','w')
% set(gca,'ycolor','w')
% xticks([0 50 100 150 200])
%
end
end
error('stop')
legend(labelconditions{stt:end})
%end
error('stop')
legend(labelconditions)
set(gca,'Color','k')
error('stop')
if acer==0
cd(strcat('/home/raleman/Dropbox/Power_Coh/',num2str(Rat)))
else
cd(strcat('C:\Users\Welt Meister\Dropbox\Power_Coh\',num2str(Rat)))
end
fig=gcf;
fig.InvertHardcopy='off';
% string=strcat('300hz_intra_',label1{2*w-1},'.png');
string=strcat('NoRipples_',labelconditions{iii},'.png');
saveas(gcf,string)
string=strcat('NoRipples_',labelconditions{iii},'.fig');
saveas(gcf,string)
close all
%end
% error('stop')
%string=strcat('Power_50B_1850_NOTCH_NREM_',label1{2*w-1},'.png');
% end
end
end