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Transcripts missing in ensembl xrefs data #24

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emapple opened this issue Sep 25, 2023 · 1 comment
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Transcripts missing in ensembl xrefs data #24

emapple opened this issue Sep 25, 2023 · 1 comment

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@emapple
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emapple commented Sep 25, 2023 •
edited by dhimmel
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Nearly 5% of transcript IDs in Deep Mind's Alpha Missense data do not match with a transcript ID in the xrefs output of EnsemblGenesTask. This may be a consequence of using different versions of Ensembl (98 for Alpha Missense, 105 for RS).
@emapple
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Author

emapple commented Sep 25, 2023

Below is the list of transcripts in Alpha Missense that do not match with any in RS Ensembl transcript xrefs

Non-matching transcript IDs
transcript_id transcript_id_versioned
ENST00000053469 ENST00000053469.9
ENST00000172853 ENST00000172853.14
ENST00000215061 ENST00000215061.9
ENST00000216071 ENST00000216071.4
ENST00000224862 ENST00000224862.7
ENST00000225805 ENST00000225805.8
ENST00000230301 ENST00000230301.9
ENST00000231683 ENST00000231683.3
ENST00000237449 ENST00000237449.10
ENST00000238341 ENST00000238341.9
ENST00000239859 ENST00000239859.8
ENST00000240364 ENST00000240364.7
ENST00000241312 ENST00000241312.8
ENST00000248058 ENST00000248058.1
ENST00000252482 ENST00000252482.8
ENST00000252655 ENST00000252655.1
ENST00000252835 ENST00000252835.5
ENST00000253262 ENST00000253262.9
ENST00000253461 ENST00000253461.8
ENST00000253490 ENST00000253490.5
ENST00000256031 ENST00000256031.8
ENST00000256186 ENST00000256186.2
ENST00000259318 ENST00000259318.7
ENST00000259881 ENST00000259881.10
ENST00000260008 ENST00000260008.3
ENST00000260723 ENST00000260723.5
ENST00000261058 ENST00000261058.3
ENST00000262383 ENST00000262383.6
ENST00000262861 ENST00000262861.8
ENST00000265018 ENST00000265018.4
ENST00000265068 ENST00000265068.9
ENST00000266497 ENST00000266497.9
ENST00000267838 ENST00000267838.7
ENST00000269127 ENST00000269127.5
ENST00000269967 ENST00000269967.4
ENST00000272570 ENST00000272570.9
ENST00000275521 ENST00000275521.10
ENST00000276077 ENST00000276077.1
ENST00000277895 ENST00000277895.9
ENST00000279024 ENST00000279024.9
ENST00000283507 ENST00000283507.6
ENST00000284562 ENST00000284562.6
ENST00000287468 ENST00000287468.5
ENST00000289451 ENST00000289451.4
ENST00000289989 ENST00000289989.10
ENST00000291231 ENST00000291231.1
ENST00000291691 ENST00000291691.11
ENST00000295124 ENST00000295124.9
ENST00000295226 ENST00000295226.1
ENST00000295268 ENST00000295268.4
ENST00000295645 ENST00000295645.9
ENST00000295878 ENST00000295878.8
ENST00000295896 ENST00000295896.13
ENST00000295910 ENST00000295910.11
ENST00000296824 ENST00000296824.4
ENST00000296862 ENST00000296862.5
ENST00000297063 ENST00000297063.10
ENST00000297186 ENST00000297186.7
ENST00000297239 ENST00000297239.10
ENST00000298110 ENST00000298110.1
ENST00000298738 ENST00000298738.3
ENST00000299338 ENST00000299338.11
ENST00000299550 ENST00000299550.10
ENST00000300557 ENST00000300557.3
ENST00000301529 ENST00000301529.1
ENST00000301686 ENST00000301686.13
ENST00000302030 ENST00000302030.2
ENST00000302084 ENST00000302084.4
ENST00000302096 ENST00000302096.4
ENST00000302231 ENST00000302231.4
ENST00000302592 ENST00000302592.7
ENST00000302610 ENST00000302610.1
ENST00000302617 ENST00000302617.3
ENST00000302957 ENST00000302957.4
ENST00000303059 ENST00000303059.3
ENST00000303227 ENST00000303227.11
ENST00000303532 ENST00000303532.1
ENST00000304094 ENST00000304094.1
ENST00000304865 ENST00000304865.4
ENST00000305045 ENST00000305045.3
ENST00000305377 ENST00000305377.5
ENST00000305892 ENST00000305892.1
ENST00000306687 ENST00000306687.1
ENST00000306862 ENST00000306862.7
ENST00000307003 ENST00000307003.3
ENST00000307322 ENST00000307322.4
ENST00000307401 ENST00000307401.5
ENST00000307632 ENST00000307632.3
ENST00000308009 ENST00000308009.5
ENST00000308100 ENST00000308100.5
ENST00000308105 ENST00000308105.5
ENST00000308963 ENST00000308963.4
ENST00000309403 ENST00000309403.3
ENST00000309495 ENST00000309495.6
ENST00000310160 ENST00000310160.7
ENST00000310194 ENST00000310194.1
ENST00000310463 ENST00000310463.10
ENST00000310776 ENST00000310776.8
ENST00000311450 ENST00000311450.9
ENST00000311591 ENST00000311591.3
ENST00000311864 ENST00000311864.7
ENST00000312153 ENST00000312153.1
ENST00000312240 ENST00000312240.4
ENST00000312292 ENST00000312292.6
ENST00000312422 ENST00000312422.2
ENST00000312614 ENST00000312614.4
ENST00000313264 ENST00000313264.6
ENST00000313555 ENST00000313555.1
ENST00000313683 ENST00000313683.15
ENST00000313851 ENST00000313851.3
ENST00000314612 ENST00000314612.2
ENST00000314706 ENST00000314706.3
ENST00000314902 ENST00000314902.2
ENST00000314933 ENST00000314933.6
ENST00000314994 ENST00000314994.5
ENST00000315184 ENST00000315184.9
ENST00000315409 ENST00000315409.2
ENST00000315693 ENST00000315693.3
ENST00000316375 ENST00000316375.3
ENST00000316650 ENST00000316650.5
ENST00000316987 ENST00000316987.4
ENST00000317005 ENST00000317005.2
ENST00000317078 ENST00000317078.1
ENST00000317254 ENST00000317254.3
ENST00000317450 ENST00000317450.3
ENST00000317721 ENST00000317721.10
ENST00000317996 ENST00000317996.2
ENST00000318225 ENST00000318225.3
ENST00000318749 ENST00000318749.8
ENST00000318763 ENST00000318763.7
ENST00000319338 ENST00000319338.6
ENST00000319968 ENST00000319968.4
ENST00000320188 ENST00000320188.9
ENST00000320394 ENST00000320394.10
ENST00000320442 ENST00000320442.9
ENST00000320891 ENST00000320891.4
ENST00000321255 ENST00000321255.1
ENST00000321543 ENST00000321543.1
ENST00000321688 ENST00000321688.1
ENST00000321844 ENST00000321844.6
ENST00000321895 ENST00000321895.7
ENST00000322013 ENST00000322013.5
ENST00000322246 ENST00000322246.4
ENST00000322282 ENST00000322282.11
ENST00000322487 ENST00000322487.11
ENST00000322564 ENST00000322564.9
ENST00000322583 ENST00000322583.5
ENST00000322678 ENST00000322678.1
ENST00000324058 ENST00000324058.9
ENST00000324060 ENST00000324060.2
ENST00000324666 ENST00000324666.9
ENST00000324803 ENST00000324803.6
ENST00000325134 ENST00000325134.9
ENST00000325192 ENST00000325192.8
ENST00000325812 ENST00000325812.7
ENST00000326053 ENST00000326053.10
ENST00000326183 ENST00000326183.3
ENST00000326665 ENST00000326665.10
ENST00000327337 ENST00000327337.6
ENST00000327423 ENST00000327423.11
ENST00000327462 ENST00000327462.4
ENST00000327839 ENST00000327839.3
ENST00000328275 ENST00000328275.1
ENST00000328375 ENST00000328375.1
ENST00000328697 ENST00000328697.11
ENST00000328828 ENST00000328828.5
ENST00000328942 ENST00000328942.1
ENST00000328965 ENST00000328965.9
ENST00000329203 ENST00000329203.5
ENST00000329286 ENST00000329286.7
ENST00000329328 ENST00000329328.3
ENST00000329365 ENST00000329365.2
ENST00000329493 ENST00000329493.5
ENST00000329564 ENST00000329564.7
ENST00000329610 ENST00000329610.5
ENST00000329753 ENST00000329753.5
ENST00000330271 ENST00000330271.5
ENST00000330487 ENST00000330487.6
ENST00000330682 ENST00000330682.3
ENST00000331251 ENST00000331251.3
ENST00000331437 ENST00000331437.4
ENST00000331459 ENST00000331459.1
ENST00000331493 ENST00000331493.7
ENST00000331723 ENST00000331723.1
ENST00000332217 ENST00000332217.5
ENST00000332578 ENST00000332578.8
ENST00000332601 ENST00000332601.5
ENST00000332797 ENST00000332797.10
ENST00000332908 ENST00000332908.6
ENST00000332912 ENST00000332912.3
ENST00000332947 ENST00000332947.6
ENST00000333412 ENST00000333412.3
ENST00000333629 ENST00000333629.1
ENST00000334000 ENST00000334000.7
ENST00000334632 ENST00000334632.1
ENST00000335016 ENST00000335016.9
ENST00000335094 ENST00000335094.4
ENST00000335137 ENST00000335137.4
ENST00000335185 ENST00000335185.9
ENST00000335535 ENST00000335535.3
ENST00000336600 ENST00000336600.6
ENST00000337090 ENST00000337090.7
ENST00000337652 ENST00000337652.5
ENST00000338005 ENST00000338005.7
ENST00000338056 ENST00000338056.7
ENST00000338353 ENST00000338353.3
ENST00000338569 ENST00000338569.2
ENST00000339051 ENST00000339051.2
ENST00000339258 ENST00000339258.1
ENST00000339446 ENST00000339446.3
ENST00000339659 ENST00000339659.9
ENST00000340147 ENST00000340147.7
ENST00000340239 ENST00000340239.8
ENST00000340333 ENST00000340333.7
ENST00000341255 ENST00000341255.4
ENST00000341287 ENST00000341287.9
ENST00000341449 ENST00000341449.4
ENST00000341493 ENST00000341493.3
ENST00000341865 ENST00000341865.9
ENST00000342022 ENST00000342022.8
ENST00000342927 ENST00000342927.5
ENST00000343253 ENST00000343253.11
ENST00000343414 ENST00000343414.6
ENST00000343584 ENST00000343584.10
ENST00000343855 ENST00000343855.6
ENST00000343870 ENST00000343870.4
ENST00000343959 ENST00000343959.5
ENST00000344417 ENST00000344417.10
ENST00000344889 ENST00000344889.3
ENST00000344894 ENST00000344894.10
ENST00000346193 ENST00000346193.4
ENST00000348904 ENST00000348904.4
ENST00000350221 ENST00000350221.4
ENST00000351052 ENST00000351052.9
ENST00000352251 ENST00000352251.8
ENST00000354419 ENST00000354419.6
ENST00000354565 ENST00000354565.2
ENST00000354597 ENST00000354597.4
ENST00000355193 ENST00000355193.6
ENST00000355728 ENST00000355728.2
ENST00000355883 ENST00000355883.4
ENST00000356371 ENST00000356371.9
ENST00000356922 ENST00000356922.5
ENST00000357198 ENST00000357198.8
ENST00000357304 ENST00000357304.8
ENST00000357366 ENST00000357366.4
ENST00000357627 ENST00000357627.1
ENST00000358022 ENST00000358022.4
ENST00000358047 ENST00000358047.4
ENST00000358138 ENST00000358138.1
ENST00000358212 ENST00000358212.10
ENST00000358431 ENST00000358431.7
ENST00000358460 ENST00000358460.8
ENST00000358906 ENST00000358906.3
ENST00000358929 ENST00000358929.8
ENST00000358992 ENST00000358992.3
ENST00000359244 ENST00000359244.9
ENST00000359682 ENST00000359682.2
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ENST00000653668 ENST00000653668.1
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ENST00000671891 ENST00000671891.1
ENST00000673069 ENST00000673069.1
ENST00000673217 ENST00000673217.1
ENST00000673386 ENST00000673386.1

And below is a random subsample from that list. It shows that ~half of the those transcript IDs should exist in Ensembl

ensembl results for missing transcript IDs
transcript_id found n_xref
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ENST00000629962 False 0
ENST00000373642 False 0
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