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<ul class="summary">
<li class="chapter" data-level="" data-path="prêambulo.html"><a href="prêambulo.html"><i class="fa fa-check"></i>Prêambulo</a></li>
<li class="chapter" data-level="1" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html"><i class="fa fa-check"></i><b>1</b> Contextualizando</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="1.1" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#histórico-e-fundamentos"><i class="fa fa-check"></i><b>1.1</b> Histórico e fundamentos</a></li>
<li class="chapter" data-level="1.2" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#bioinformática-filoinformática"><i class="fa fa-check"></i><b>1.2</b> Bioinformática > Filoinformática</a></li>
<li class="chapter" data-level="1.3" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#passado"><i class="fa fa-check"></i><b>1.3</b> Passado</a></li>
<li class="chapter" data-level="1.4" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#presente"><i class="fa fa-check"></i><b>1.4</b> Presente</a></li>
<li class="chapter" data-level="1.5" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#futuro"><i class="fa fa-check"></i><b>1.5</b> Futuro</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="1.5.1" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#interoperabilidade"><i class="fa fa-check"></i><b>1.5.1</b> Interoperabilidade</a></li>
<li class="chapter" data-level="1.5.2" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#evolução-da-web"><i class="fa fa-check"></i><b>1.5.2</b> Evolução da Web</a></li>
<li class="chapter" data-level="1.5.3" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#o-futuro-integrativo-da-sistemática"><i class="fa fa-check"></i><b>1.5.3</b> O futuro integrativo da Sistemática</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="1.5.3.1" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#padrão-darwincore"><i class="fa fa-check"></i><b>1.5.3.1</b> Padrão DarwinCore</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="1.5.4" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#w3c"><i class="fa fa-check"></i><b>1.5.4</b> W3C</a></li>
<li class="chapter" data-level="1.5.5" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#web-semântica-web-3.0"><i class="fa fa-check"></i><b>1.5.5</b> <em>Web</em> Semântica (Web 3.0)</a></li>
<li class="chapter" data-level="1.5.6" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#sistemas-de-organização-do-conhecimento"><i class="fa fa-check"></i><b>1.5.6</b> Sistemas de Organização do Conhecimento</a></li>
<li class="chapter" data-level="1.5.7" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#ontologias"><i class="fa fa-check"></i><b>1.5.7</b> Ontologias</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="1.5.7.1" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#fundamentos-epistemológicos"><i class="fa fa-check"></i><b>1.5.7.1</b> Fundamentos epistemológicos</a></li>
<li class="chapter" data-level="1.5.7.2" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#web-ontology-language"><i class="fa fa-check"></i><b>1.5.7.2</b> <em>Web Ontology Language</em></a></li>
<li class="chapter" data-level="1.5.7.3" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#resource-description-framework"><i class="fa fa-check"></i><b>1.5.7.3</b> <em>Resource Description Framework</em></a></li>
<li class="chapter" data-level="1.5.7.4" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#extensible-markup-language"><i class="fa fa-check"></i><b>1.5.7.4</b> <em>Extensible Markup Language</em></a></li>
<li class="chapter" data-level="1.5.7.5" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#obo-foundry"><i class="fa fa-check"></i><b>1.5.7.5</b> OBO Foundry</a></li>
<li class="chapter" data-level="1.5.7.6" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#gene-ontology"><i class="fa fa-check"></i><b>1.5.7.6</b> Gene Ontology</a></li>
<li class="chapter" data-level="1.5.7.7" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#plant-ontology"><i class="fa fa-check"></i><b>1.5.7.7</b> Plant Ontology</a></li>
<li class="chapter" data-level="1.5.7.8" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#planteome"><i class="fa fa-check"></i><b>1.5.7.8</b> Planteome</a></li>
</ul></li>
</ul></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="2" data-path="filoinformática.html"><a href="filoinformática.html"><i class="fa fa-check"></i><b>2</b> Filoinformática</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="2.1" data-path="filoinformática.html"><a href="filoinformática.html#conceito"><i class="fa fa-check"></i><b>2.1</b> Conceito</a></li>
<li class="chapter" data-level="2.2" data-path="filoinformática.html"><a href="filoinformática.html#fontes-de-dados"><i class="fa fa-check"></i><b>2.2</b> Fontes de dados</a></li>
<li class="chapter" data-level="2.3" data-path="filoinformática.html"><a href="filoinformática.html#perspectivas"><i class="fa fa-check"></i><b>2.3</b> Perspectivas</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="3" data-path="visão-geral-e-roteiro-do-curso.html"><a href="visão-geral-e-roteiro-do-curso.html"><i class="fa fa-check"></i><b>3</b> Visão geral e roteiro do curso</a></li>
<li class="chapter" data-level="4" data-path="técnicas-moleculares.html"><a href="técnicas-moleculares.html"><i class="fa fa-check"></i><b>4</b> Técnicas moleculares</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="4.1" data-path="técnicas-moleculares.html"><a href="técnicas-moleculares.html#extração-do-dna"><i class="fa fa-check"></i><b>4.1</b> Extração do DNA</a></li>
<li class="chapter" data-level="4.2" data-path="técnicas-moleculares.html"><a href="técnicas-moleculares.html#amplificação"><i class="fa fa-check"></i><b>4.2</b> Amplificação</a></li>
<li class="chapter" data-level="4.3" data-path="técnicas-moleculares.html"><a href="técnicas-moleculares.html#eletroforese"><i class="fa fa-check"></i><b>4.3</b> Eletroforese</a></li>
<li class="chapter" data-level="4.4" data-path="técnicas-moleculares.html"><a href="técnicas-moleculares.html#sequenciamento"><i class="fa fa-check"></i><b>4.4</b> Sequenciamento</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="4.4.1" data-path="técnicas-moleculares.html"><a href="técnicas-moleculares.html#história-do-sequenciamento-didesoxi-sanger"><i class="fa fa-check"></i><b>4.4.1</b> História do sequenciamento didesoxi Sanger</a></li>
</ul></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="5" data-path="montagem-de-sequências.html"><a href="montagem-de-sequências.html"><i class="fa fa-check"></i><b>5</b> Montagem de sequências</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="5.1" data-path="montagem-de-sequências.html"><a href="montagem-de-sequências.html#cromatogramas"><i class="fa fa-check"></i><b>5.1</b> Cromatogramas</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="5.1.1" data-path="montagem-de-sequências.html"><a href="montagem-de-sequências.html#conceito-1"><i class="fa fa-check"></i><b>5.1.1</b> Conceito</a></li>
<li class="chapter" data-level="5.1.2" data-path="montagem-de-sequências.html"><a href="montagem-de-sequências.html#finalidade"><i class="fa fa-check"></i><b>5.1.2</b> Finalidade</a></li>
<li class="chapter" data-level="5.1.3" data-path="montagem-de-sequências.html"><a href="montagem-de-sequências.html#qualidade-do-sinal"><i class="fa fa-check"></i><b>5.1.3</b> Qualidade do sinal</a></li>
<li class="chapter" data-level="5.1.4" data-path="montagem-de-sequências.html"><a href="montagem-de-sequências.html#arquivo-.ab1"><i class="fa fa-check"></i><b>5.1.4</b> Arquivo .ab1</a></li>
<li class="chapter" data-level="5.1.5" data-path="montagem-de-sequências.html"><a href="montagem-de-sequências.html#software-fitchtv"><i class="fa fa-check"></i><b>5.1.5</b> Software FitchTV</a></li>
<li class="chapter" data-level="5.1.6" data-path="montagem-de-sequências.html"><a href="montagem-de-sequências.html#manual-do-sequenciamento-sanger"><i class="fa fa-check"></i><b>5.1.6</b> Manual do sequenciamento Sanger</a></li>
<li class="chapter" data-level="5.1.7" data-path="montagem-de-sequências.html"><a href="montagem-de-sequências.html#interpretação-do-cromatograma"><i class="fa fa-check"></i><b>5.1.7</b> Interpretação do cromatograma</a></li>
<li class="chapter" data-level="5.1.8" data-path="montagem-de-sequências.html"><a href="montagem-de-sequências.html#prática"><i class="fa fa-check"></i><b>5.1.8</b> Prática</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="5.2" data-path="montagem-de-sequências.html"><a href="montagem-de-sequências.html#alinhamento-de-contigs"><i class="fa fa-check"></i><b>5.2</b> Alinhamento de <em>contigs</em></a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="5.2.1" data-path="montagem-de-sequências.html"><a href="montagem-de-sequências.html#assembly-softwares"><i class="fa fa-check"></i><b>5.2.1</b> Assembly softwares</a></li>
<li class="chapter" data-level="5.2.2" data-path="montagem-de-sequências.html"><a href="montagem-de-sequências.html#prática-1"><i class="fa fa-check"></i><b>5.2.2</b> Prática</a></li>
</ul></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="6" data-path="formatos-de-arquivo-mais-comuns.html"><a href="formatos-de-arquivo-mais-comuns.html"><i class="fa fa-check"></i><b>6</b> Formatos de arquivo mais comuns</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="6.1" data-path="formatos-de-arquivo-mais-comuns.html"><a href="formatos-de-arquivo-mais-comuns.html#phylip"><i class="fa fa-check"></i><b>6.1</b> PHYLIP</a></li>
<li class="chapter" data-level="6.2" data-path="formatos-de-arquivo-mais-comuns.html"><a href="formatos-de-arquivo-mais-comuns.html#fasta"><i class="fa fa-check"></i><b>6.2</b> FASTA</a></li>
<li class="chapter" data-level="6.3" data-path="formatos-de-arquivo-mais-comuns.html"><a href="formatos-de-arquivo-mais-comuns.html#nexus"><i class="fa fa-check"></i><b>6.3</b> NEXUS</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="7" data-path="genebank-blast.html"><a href="genebank-blast.html"><i class="fa fa-check"></i><b>7</b> GeneBank <em>Blast</em></a></li>
<li class="chapter" data-level="8" data-path="baixando-sequências-do-genebank.html"><a href="baixando-sequências-do-genebank.html"><i class="fa fa-check"></i><b>8</b> Baixando sequências do GeneBank</a></li>
<li class="chapter" data-level="9" data-path="preparação-dos-arquivos-das-sequências.html"><a href="preparação-dos-arquivos-das-sequências.html"><i class="fa fa-check"></i><b>9</b> Preparação dos arquivos das sequências</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="9.1" data-path="preparação-dos-arquivos-das-sequências.html"><a href="preparação-dos-arquivos-das-sequências.html#expressões-regulares"><i class="fa fa-check"></i><b>9.1</b> Expressões regulares</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="9.1.1" data-path="preparação-dos-arquivos-das-sequências.html"><a href="preparação-dos-arquivos-das-sequências.html#prática-2"><i class="fa fa-check"></i><b>9.1.1</b> Prática</a></li>
</ul></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="10" data-path="alinhamento-múltiplo-e-manual-de-sequências.html"><a href="alinhamento-múltiplo-e-manual-de-sequências.html"><i class="fa fa-check"></i><b>10</b> Alinhamento múltiplo e manual de sequências</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="10.1" data-path="alinhamento-múltiplo-e-manual-de-sequências.html"><a href="alinhamento-múltiplo-e-manual-de-sequências.html#prática-3"><i class="fa fa-check"></i><b>10.1</b> Prática</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="10.1.1" data-path="alinhamento-múltiplo-e-manual-de-sequências.html"><a href="alinhamento-múltiplo-e-manual-de-sequências.html#alinhamento-múltiplo-automático"><i class="fa fa-check"></i><b>10.1.1</b> Alinhamento múltiplo (automático)</a></li>
<li class="chapter" data-level="10.1.2" data-path="alinhamento-múltiplo-e-manual-de-sequências.html"><a href="alinhamento-múltiplo-e-manual-de-sequências.html#alinhamento-manual"><i class="fa fa-check"></i><b>10.1.2</b> Alinhamento manual</a></li>
</ul></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="11" data-path="codificando-indels.html"><a href="codificando-indels.html"><i class="fa fa-check"></i><b>11</b> Codificando indels</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="11.1" data-path="codificando-indels.html"><a href="codificando-indels.html#sic"><i class="fa fa-check"></i><b>11.1</b> SIC</a></li>
<li class="chapter" data-level="11.2" data-path="codificando-indels.html"><a href="codificando-indels.html#mcic"><i class="fa fa-check"></i><b>11.2</b> MCIC</a></li>
<li class="chapter" data-level="11.3" data-path="codificando-indels.html"><a href="codificando-indels.html#prática-4"><i class="fa fa-check"></i><b>11.3</b> Prática</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="12" data-path="concatenando-matrizes.html"><a href="concatenando-matrizes.html"><i class="fa fa-check"></i><b>12</b> Concatenando matrizes</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="12.1" data-path="concatenando-matrizes.html"><a href="concatenando-matrizes.html#prática-regex-2"><i class="fa fa-check"></i><b>12.1</b> Prática: RegEx 2</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="13" data-path="modelos-de-evolução-de-sequências.html"><a href="modelos-de-evolução-de-sequências.html"><i class="fa fa-check"></i><b>13</b> Modelos de evolução de sequências</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="13.1" data-path="modelos-de-evolução-de-sequências.html"><a href="modelos-de-evolução-de-sequências.html#as-6-substituições"><i class="fa fa-check"></i><b>13.1</b> As 6 substituições</a></li>
<li class="chapter" data-level="13.2" data-path="modelos-de-evolução-de-sequências.html"><a href="modelos-de-evolução-de-sequências.html#modelo-jukescantor-jc-1969"><i class="fa fa-check"></i><b>13.2</b> Modelo Jukes/Cantor (JC) 1969</a></li>
<li class="chapter" data-level="13.3" data-path="modelos-de-evolução-de-sequências.html"><a href="modelos-de-evolução-de-sequências.html#modelo-kimura-k80-1980"><i class="fa fa-check"></i><b>13.3</b> Modelo Kimura (K80) 1980</a></li>
<li class="chapter" data-level="13.4" data-path="modelos-de-evolução-de-sequências.html"><a href="modelos-de-evolução-de-sequências.html#modelo-hasegawa-kishino-yano-hky-1985"><i class="fa fa-check"></i><b>13.4</b> Modelo Hasegawa-Kishino-Yano (HKY) 1985</a></li>
<li class="chapter" data-level="13.5" data-path="modelos-de-evolução-de-sequências.html"><a href="modelos-de-evolução-de-sequências.html#modelo-general-time-reversible-gtr-1986"><i class="fa fa-check"></i><b>13.5</b> Modelo General Time Reversible (GTR) 1986</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="14" data-path="softwares-para-análises-filogenéticas.html"><a href="softwares-para-análises-filogenéticas.html"><i class="fa fa-check"></i><b>14</b> Softwares para análises filogenéticas</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="14.1" data-path="softwares-para-análises-filogenéticas.html"><a href="softwares-para-análises-filogenéticas.html#ms-dos"><i class="fa fa-check"></i><b>14.1</b> MS-DOS</a></li>
<li class="chapter" data-level="14.2" data-path="softwares-para-análises-filogenéticas.html"><a href="softwares-para-análises-filogenéticas.html#iq-tree"><i class="fa fa-check"></i><b>14.2</b> IQ-TREE</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="14.2.1" data-path="softwares-para-análises-filogenéticas.html"><a href="softwares-para-análises-filogenéticas.html#prática-5"><i class="fa fa-check"></i><b>14.2.1</b> Prática</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="14.3" data-path="softwares-para-análises-filogenéticas.html"><a href="softwares-para-análises-filogenéticas.html#splitstree6"><i class="fa fa-check"></i><b>14.3</b> SplitsTree6</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="14.3.1" data-path="softwares-para-análises-filogenéticas.html"><a href="softwares-para-análises-filogenéticas.html#prática-6"><i class="fa fa-check"></i><b>14.3.1</b> Prática</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="14.4" data-path="softwares-para-análises-filogenéticas.html"><a href="softwares-para-análises-filogenéticas.html#mrbayes"><i class="fa fa-check"></i><b>14.4</b> MrBayes</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="14.4.1" data-path="softwares-para-análises-filogenéticas.html"><a href="softwares-para-análises-filogenéticas.html#prática-1-1"><i class="fa fa-check"></i><b>14.4.1</b> Prática 1</a></li>
<li class="chapter" data-level="14.4.2" data-path="softwares-para-análises-filogenéticas.html"><a href="softwares-para-análises-filogenéticas.html#prática-2-modelo-de-substituição"><i class="fa fa-check"></i><b>14.4.2</b> Prática 2: Modelo de substituição</a></li>
<li class="chapter" data-level="14.4.3" data-path="softwares-para-análises-filogenéticas.html"><a href="softwares-para-análises-filogenéticas.html#prática-3-gerando-o-output"><i class="fa fa-check"></i><b>14.4.3</b> Prática 3: Gerando o output</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="14.5" data-path="softwares-para-análises-filogenéticas.html"><a href="softwares-para-análises-filogenéticas.html#softwares-para-seleção-de-modelos-evolutivos"><i class="fa fa-check"></i><b>14.5</b> Softwares para seleção de modelos evolutivos</a></li>
<li class="chapter" data-level="14.6" data-path="softwares-para-análises-filogenéticas.html"><a href="softwares-para-análises-filogenéticas.html#raxmlgui-2.0-jmodeltest-2"><i class="fa fa-check"></i><b>14.6</b> raxmlGUI 2.0 + jModelTest 2</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="14.6.1" data-path="softwares-para-análises-filogenéticas.html"><a href="softwares-para-análises-filogenéticas.html#partitionfinder"><i class="fa fa-check"></i><b>14.6.1</b> PartitionFinder</a></li>
</ul></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="15" data-path="edição-final-de-árvore.html"><a href="edição-final-de-árvore.html"><i class="fa fa-check"></i><b>15</b> Edição final de árvore</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="15.1" data-path="edição-final-de-árvore.html"><a href="edição-final-de-árvore.html#prática-7"><i class="fa fa-check"></i><b>15.1</b> Prática</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="16" data-path="árvores-filogenéticas-das-plantas.html"><a href="árvores-filogenéticas-das-plantas.html"><i class="fa fa-check"></i><b>16</b> Árvores filogenéticas das plantas</a></li>
<li class="chapter" data-level="17" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html"><i class="fa fa-check"></i><b>17</b> Introdução ao R</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="17.1" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#programação-orientada-a-objetos"><i class="fa fa-check"></i><b>17.1</b> Programação orientada a objetos</a></li>
<li class="chapter" data-level="17.2" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#principais-estruturas-de-dados"><i class="fa fa-check"></i><b>17.2</b> Principais estruturas de dados</a></li>
<li class="chapter" data-level="17.3" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#principais-tipos-de-dados"><i class="fa fa-check"></i><b>17.3</b> Principais tipos de dados</a></li>
<li class="chapter" data-level="17.4" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#classe-x-propriedade-x-atributo"><i class="fa fa-check"></i><b>17.4</b> Classe x propriedade x atributo</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="17.4.1" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#sistema-de-referência"><i class="fa fa-check"></i><b>17.4.1</b> Sistema de referência</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="17.5" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#linguagem-r"><i class="fa fa-check"></i><b>17.5</b> Linguagem R</a></li>
<li class="chapter" data-level="17.6" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#console"><i class="fa fa-check"></i><b>17.6</b> Console</a></li>
<li class="chapter" data-level="17.7" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#criando-objetos"><i class="fa fa-check"></i><b>17.7</b> Criando objetos</a></li>
<li class="chapter" data-level="17.8" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#funções"><i class="fa fa-check"></i><b>17.8</b> Funções</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="17.8.1" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#sintaxe-da-função"><i class="fa fa-check"></i><b>17.8.1</b> Sintaxe da função</a></li>
<li class="chapter" data-level="17.8.2" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#funções-básicas"><i class="fa fa-check"></i><b>17.8.2</b> Funções básicas</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="17.9" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#pacotes"><i class="fa fa-check"></i><b>17.9</b> Pacotes</a></li>
<li class="chapter" data-level="17.10" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#prática-8"><i class="fa fa-check"></i><b>17.10</b> Prática</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="17.10.1" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#indexação-de-objetos"><i class="fa fa-check"></i><b>17.10.1</b> Indexação de objetos</a></li>
<li class="chapter" data-level="17.10.2" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#operadores-de-lógica"><i class="fa fa-check"></i><b>17.10.2</b> Operadores de lógica</a></li>
<li class="chapter" data-level="17.10.3" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#inspecionando-os-atributos-um-objeto"><i class="fa fa-check"></i><b>17.10.3</b> Inspecionando os atributos um objeto</a></li>
<li class="chapter" data-level="17.10.4" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#teste-e-coerção-de-objetos"><i class="fa fa-check"></i><b>17.10.4</b> Teste e Coerção de objetos</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="17.11" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#rstudio"><i class="fa fa-check"></i><b>17.11</b> RStudio</a></li>
<li class="chapter" data-level="17.12" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#ambiente-de-trabalho"><i class="fa fa-check"></i><b>17.12</b> Ambiente de Trabalho</a></li>
<li class="chapter" data-level="17.13" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#diretório-de-trabalho"><i class="fa fa-check"></i><b>17.13</b> Diretório de Trabalho</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="18" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html"><i class="fa fa-check"></i><b>18</b> Filogenia no R</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="18.1" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#pacotes-de-filogenia"><i class="fa fa-check"></i><b>18.1</b> Pacotes de filogenia</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.2" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#escrevendo-árvores-a-partir-de-uma-cadeia-de-texto"><i class="fa fa-check"></i><b>18.2</b> Escrevendo árvores a partir de uma cadeia de texto</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.3" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#importando-árvores-nos-formatos-s3-e-s4"><i class="fa fa-check"></i><b>18.3</b> Importando árvores nos formatos S3 e S4</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="18.3.1" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#classe-phylo-s3"><i class="fa fa-check"></i><b>18.3.1</b> Classe phylo (S3)</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.3.2" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#classe-phylo4-e-phylo4d-s4"><i class="fa fa-check"></i><b>18.3.2</b> Classe phylo4 e phylo4d (S4)</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.3.3" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#importando-do-iqtree"><i class="fa fa-check"></i><b>18.3.3</b> Importando do IQTree</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.3.4" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#importando-do-mrbayes"><i class="fa fa-check"></i><b>18.3.4</b> Importando do MrBayes</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="18.4" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#extraindo-clados"><i class="fa fa-check"></i><b>18.4</b> Extraindo clados</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.5" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#personalizando-o-estilo-da-árvore"><i class="fa fa-check"></i><b>18.5</b> Personalizando o estilo da árvore</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="18.5.1" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#pacote-ape"><i class="fa fa-check"></i><b>18.5.1</b> Pacote ape</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="18.5.1.1" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#ramos"><i class="fa fa-check"></i><b>18.5.1.1</b> Ramos</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.5.1.2" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#terminais"><i class="fa fa-check"></i><b>18.5.1.2</b> Terminais</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.5.1.3" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#nós"><i class="fa fa-check"></i><b>18.5.1.3</b> Nós</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="18.5.2" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#pacote-phylocanvas"><i class="fa fa-check"></i><b>18.5.2</b> Pacote phylocanvas</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.5.3" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#pacote-phytools"><i class="fa fa-check"></i><b>18.5.3</b> Pacote phytools</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="18.5.3.1" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#ramos-1"><i class="fa fa-check"></i><b>18.5.3.1</b> Ramos</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.5.3.2" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#terminais-1"><i class="fa fa-check"></i><b>18.5.3.2</b> Terminais</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="18.5.4" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#pacote-ggtree"><i class="fa fa-check"></i><b>18.5.4</b> Pacote ggtree</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="18.5.4.1" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#ramos-2"><i class="fa fa-check"></i><b>18.5.4.1</b> Ramos</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.5.4.2" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#terminais-2"><i class="fa fa-check"></i><b>18.5.4.2</b> Terminais</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.5.4.3" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#nós-1"><i class="fa fa-check"></i><b>18.5.4.3</b> Nós</a></li>
</ul></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="18.6" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#anotando-dados-na-árvore-usando-r"><i class="fa fa-check"></i><b>18.6</b> Anotando dados na árvore usando R</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="18.6.1" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#pacote-ape-1"><i class="fa fa-check"></i><b>18.6.1</b> Pacote ape</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="18.6.1.1" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#ramos-3"><i class="fa fa-check"></i><b>18.6.1.1</b> Ramos</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.6.1.2" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#terminais-3"><i class="fa fa-check"></i><b>18.6.1.2</b> Terminais</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.6.1.3" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#nós-2"><i class="fa fa-check"></i><b>18.6.1.3</b> Nós</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="18.6.2" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#pacote-phytools-1"><i class="fa fa-check"></i><b>18.6.2</b> Pacote phytools</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="18.6.2.1" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#nós-3"><i class="fa fa-check"></i><b>18.6.2.1</b> Nós</a></li>
</ul></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="18.7" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#plotando-matrizes-data.frames-e-árvore-ao-lado-da-árvore-usando-r"><i class="fa fa-check"></i><b>18.7</b> Plotando matrizes, data.frames e árvore ao lado da árvore usando R</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="18.7.1" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#pacote-ape-2"><i class="fa fa-check"></i><b>18.7.1</b> Pacote ape</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="18.7.1.1" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#matriz-e-data.frame"><i class="fa fa-check"></i><b>18.7.1.1</b> Matriz e data.frame</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.7.1.2" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#anéis-em-árvores-circulares"><i class="fa fa-check"></i><b>18.7.1.2</b> Anéis em árvores circulares</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.7.1.3" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#tanglegram"><i class="fa fa-check"></i><b>18.7.1.3</b> Tanglegram</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="18.7.2" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#pacote-phytools-2"><i class="fa fa-check"></i><b>18.7.2</b> Pacote phytools</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="18.7.2.1" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#círculos"><i class="fa fa-check"></i><b>18.7.2.1</b> Círculos</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.7.2.2" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#barras"><i class="fa fa-check"></i><b>18.7.2.2</b> Barras</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.7.2.3" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#matrizes"><i class="fa fa-check"></i><b>18.7.2.3</b> Matrizes</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.7.2.4" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#boxplots"><i class="fa fa-check"></i><b>18.7.2.4</b> Boxplots</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.7.2.5" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#tanglegram-1"><i class="fa fa-check"></i><b>18.7.2.5</b> Tanglegram</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.7.2.6" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#phylo.to.map"><i class="fa fa-check"></i><b>18.7.2.6</b> Phylo.to.map</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.7.2.7" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#escala-estratigráfica"><i class="fa fa-check"></i><b>18.7.2.7</b> Escala estratigráfica</a></li>
</ul></li>
</ul></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="19" data-path="rmarkdown.html"><a href="rmarkdown.html"><i class="fa fa-check"></i><b>19</b> RMarkdown</a></li>
<li class="chapter" data-level="" data-path="referências.html"><a href="referências.html"><i class="fa fa-check"></i>Referências</a></li>
<li class="chapter" data-level="" data-path="turmas.html"><a href="turmas.html"><i class="fa fa-check"></i>Turmas</a></li>
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<h1>
<i class="fa fa-circle-o-notch fa-spin"></i><a href="./">Introdução à Filoinformática (<em>in development</em>)</a>
</h1>
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<div id="codificando-indels" class="section level1 hasAnchor" number="11">
<h1><span class="header-section-number">11</span> Codificando indels<a href="codificando-indels.html#codificando-indels" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h1>
<p>Um fato geralmente observado após um alinhamento múltiplo, são as lacunas na matriz já alinhada. Essas lacunas são denominadas <em>indels</em>, que significa uma junção dos sufixos: inserções e deleções. Esses <em>indels</em> podem ser observados apenas nessa etapa, já que apenas através da comparação entre sequências é que podemos reconhecer uma mutação por inserção e deleções. O padrão de indels também pode ser informativos de parentesco. Existem métodos para codificação de indels (<code>SIC</code>, <code>MCIC</code>, <code>5th state</code>) que também podem ser adicionados na matriz final. O <em>software</em> <a href="http://bioinfweb.info/Software/SeqState">SeqState</a> <a name=cite-Muller></a><a href="https://doi.org/10.2165/00822942-200504010-00008">Müller (2005)</a> é um programa <em>open-source</em>, eficiente, com interface simples, desenvolvido em Java, que pode ser utilizado para codificação automática de indels a partir dos três métodos.</p>
<p><img src="images/SeqState.jpg" /></p>
<div id="sic" class="section level2 hasAnchor" number="11.1">
<h2><span class="header-section-number">11.1</span> SIC<a href="codificando-indels.html#sic" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h2>
<p>Binário</p>
<p><img src="images/indels_sic.png" /></p>
</div>
<div id="mcic" class="section level2 hasAnchor" number="11.2">
<h2><span class="header-section-number">11.2</span> MCIC<a href="codificando-indels.html#mcic" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h2>
<p>Multiestados</p>
<p><img src="images/indels_mcic.png" /></p>
</div>
<div id="prática-4" class="section level2 hasAnchor" number="11.3">
<h2><span class="header-section-number">11.3</span> Prática<a href="codificando-indels.html#prática-4" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h2>
</div>
</div>
</section>
</div>
</div>
</div>
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