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3DQA105_3DQB102.foldalign.txt
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; FOLDALIGN v2.5.1
; REFERENCE D. Sundfeld, J.H. Havgaard, A.C. de Melo, and J. Gorodkin
; REFERENCE Foldalign 2.5: multithreaded implementation for pairwise
; REFERENCE structural RNA alignment.
; REFERENCE Bioinformatics 2016, 32(8):1238-1240,
; REFERENCE doi: 10.1093/bioinformatics/btv748
; ALIGNMENT_ID n.a.
; ALIGNING 3DQA105|HLA-DQA1-05 against 3DQB102|HLA-DQB1-02
; PARAMETER max_length=209
; PARAMETER max_diff=25
; PARAMETER min_loop=3
; PARAMETER score_matrix=<default_local>
; PARAMETER nobranching=<false>
; PARAMETER global=<false>
; PARAMETER use_global_pruning=<false>
; PARAMETER i=1
; PARAMETER j=185
; PARAMETER k=1
; PARAMETER l=209
; PARAMETER no_prune=<false>
; PARAMETER min_LS_score=0
; SEQUENCE_LENGTH 3DQA105|HLA-DQA1-05 = 185
; SEQUENCE_LENGTH 3DQB102|HLA-DQB1-02 = 209
; GC_CONTENT_SEQ_1 0.44
; GC_CONTENT_SEQ_2 0.55
; SEQUENCE_1_COMMENT
; SEQUENCE_2_COMMENT
; ALIGN
; ALIGN Score: 196
; ALIGN Identity: 68 % ( 15 / 22 )
; ALIGN
; ALIGN 3DQA105|HLA-D Begin 24
; ALIGN 3DQB102|HLA-D Begin 152
; ALIGN
; ALIGN 3DQA105|HLA-D UGCAUCGCCA UCUACAGGAG CA
; ALIGN Structure (((....((. ......)).) ))
; ALIGN 3DQB102|HLA-D UUCAUCCCCA CCUUGAGGCG GA
; ALIGN
; ALIGN 3DQA105|HLA-D End 45
; ALIGN 3DQB102|HLA-D End 173
; ==============================================================================
; TYPE RNA
; COL 1 label
; COL 2 residue
; COL 3 seqpos
; COL 4 alignpos
; COL 5 align_bp
; COL 6 seqpos_bp
; ENTRY 3DQA105|HLA-DQA1-05
; ALIGNMENT_ID n.a.
; ALIGNMENT_LIST 3DQA105|HLA-DQA1-05 3DQB102|HLA-DQB1-02
; FOLDALIGN_SCORE 196
; GROUP 1
; FILENAME ../3DQA105/3DQA105.fasta
; START_POSITION 24
; END_POSITION 45
; ALIGNMENT_SIZE 2
; ALIGNMENT_LENGTH 22
; SEQUENCE_LENGTH 185
; SEQUENCE_GC_CONTENT 0.44
; PARAMETER max_length=209
; PARAMETER max_diff=25
; PARAMETER min_loop=3
; PARAMETER score_matrix=<default_local>
; PARAMETER nobranching=<false>
; PARAMETER global=<false>
; PARAMETER use_global_pruning=<false>
; PARAMETER i=1
; PARAMETER j=185
; PARAMETER k=1
; PARAMETER l=209
; PARAMETER no_prune=<false>
; PARAMETER min_LS_score=0
; ------------------------------------------------------------------------------
N U 24 1 22 45
N G 25 2 21 44
N C 26 3 20 43
N A 27 4 . .
N U 28 5 . .
N C 29 6 . .
N G 30 7 . .
N C 31 8 18 41
N C 32 9 17 40
N A 33 10 . .
N U 34 11 . .
N C 35 12 . .
N U 36 13 . .
N A 37 14 . .
N C 38 15 . .
N A 39 16 . .
N G 40 17 9 32
N G 41 18 8 31
N A 42 19 . .
N G 43 20 3 26
N C 44 21 2 25
N A 45 22 1 24
; ******************************************************************************
; TYPE RNA
; COL 1 label
; COL 2 residue
; COL 3 seqpos
; COL 4 alignpos
; COL 5 align_bp
; COL 6 seqpos_bp
; ENTRY 3DQB102|HLA-DQB1-02
; ALIGNMENT_ID n.a.
; ALIGNMENT_LIST 3DQA105|HLA-DQA1-05 3DQB102|HLA-DQB1-02
; FOLDALIGN_SCORE 196
; GROUP 2
; FILENAME ../3DQB102/3DQB102.fasta
; START_POSITION 152
; END_POSITION 173
; ALIGNMENT_SIZE 2
; ALIGNMENT_LENGTH 22
; SEQUENCE_LENGTH 209
; SEQUENCE_GC_CONTENT 0.55
; PARAMETER max_length=209
; PARAMETER max_diff=25
; PARAMETER min_loop=3
; PARAMETER score_matrix=<default_local>
; PARAMETER nobranching=<false>
; PARAMETER global=<false>
; PARAMETER use_global_pruning=<false>
; PARAMETER i=1
; PARAMETER j=185
; PARAMETER k=1
; PARAMETER l=209
; PARAMETER no_prune=<false>
; PARAMETER min_LS_score=0
; ------------------------------------------------------------------------------
N U 152 1 22 173
N U 153 2 21 172
N C 154 3 20 171
N A 155 4 . .
N U 156 5 . .
N C 157 6 . .
N C 158 7 . .
N C 159 8 18 169
N C 160 9 17 168
N A 161 10 . .
N C 162 11 . .
N C 163 12 . .
N U 164 13 . .
N U 165 14 . .
N G 166 15 . .
N A 167 16 . .
N G 168 17 9 160
N G 169 18 8 159
N C 170 19 . .
N G 171 20 3 154
N G 172 21 2 153
N A 173 22 1 152
; ******************************************************************************