diff --git a/Makefile.include b/Makefile.include
index 67b0ff595ae..3b694f00f23 100644
--- a/Makefile.include
+++ b/Makefile.include
@@ -181,7 +181,9 @@ CONTIKI_TARGET_DIRS_CONCAT = ${addprefix ${dir $(target_makefile)}, \
 CONTIKI_CPU_DIRS_CONCAT    = ${addprefix $(CONTIKI_CPU)/, \
                                $(CONTIKI_CPU_DIRS)}
 
-SOURCEDIRS = . $(PROJECTDIRS) $(CONTIKI_TARGET_DIRS_CONCAT) \
+
+SOURCEDIRS = ${if ${findstring ., $(PROJECTDIRS) }, , . } \
+             $(PROJECTDIRS) $(CONTIKI_TARGET_DIRS_CONCAT) \
              $(CONTIKI_CPU_DIRS_CONCAT) $(CONTIKIDIRS) $(APPDS) $(EXTERNALDIRS) ${dir $(target_makefile)}
 
 vpath %.c $(SOURCEDIRS)