forked from XiaoxinHe/Graph-ViT-MLPMixer
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#!/bin/bash
################################################################ CSL ################################################################
# MPGNN
CONFIG='train/configs/MPGNN/csl.yaml'
nohup python -m train.csl --config $CONFIG device 0 model.gnn_type ResGatedGraphConv &
nohup python -m train.csl --config $CONFIG device 1 model.gnn_type GINEConv &
nohup python -m train.csl --config $CONFIG device 2 model.gnn_type GCNConv &
nohup python -m train.csl --config $CONFIG device 3 model.gnn_type TransformerConv ;
# Graph MLPMixer
CONFIG='train/configs/GraphMLPMixer/csl.yaml'
nohup python -m train.csl --config $CONFIG device 0 model.gnn_type ResGatedGraphConv &
nohup python -m train.csl --config $CONFIG device 1 model.gnn_type GINEConv &
nohup python -m train.csl --config $CONFIG device 2 model.gnn_type GCNConv &
nohup python -m train.csl --config $CONFIG device 3 model.gnn_type TransformerConv ;
#######################################################################################################################################
################################################################ EXP ################################################################
# MPGNN
CONFIG='train/configs/MPGNN/exp.yaml'
nohup python -m train.exp --config $CONFIG device 0 model.gnn_type ResGatedGraphConv &
nohup python -m train.exp --config $CONFIG device 1 model.gnn_type GINEConv &
nohup python -m train.exp --config $CONFIG device 2 model.gnn_type GCNConv &
nohup python -m train.exp --config $CONFIG device 3 model.gnn_type TransformerConv ;
# Graph MLPMixer
CONFIG='train/configs/GraphMLPMixer/exp.yaml'
nohup python -m train.exp --config $CONFIG device 0 model.gnn_type ResGatedGraphConv &
nohup python -m train.exp --config $CONFIG device 1 model.gnn_type GINEConv &
nohup python -m train.exp --config $CONFIG device 2 model.gnn_type GCNConv &
nohup python -m train.exp --config $CONFIG device 3 model.gnn_type TransformerConv ;
#######################################################################################################################################
################################################################ SR25 ################################################################
# MPGNN
CONFIG='train/configs/MPGNN/sr25.yaml'
nohup python -m train.sr25 --config $CONFIG device 0 model.gnn_type ResGatedGraphConv &
nohup python -m train.sr25 --config $CONFIG device 1 model.gnn_type GINEConv &
nohup python -m train.sr25 --config $CONFIG device 2 model.gnn_type GCNConv &
nohup python -m train.sr25 --config $CONFIG device 3 model.gnn_type TransformerConv ;
# Graph MLPMixer
CONFIG='train/configs/GraphMLPMixer/sr25.yaml'
nohup python -m train.sr25 --config $CONFIG device 0 model.gnn_type ResGatedGraphConv &
nohup python -m train.sr25 --config $CONFIG device 1 model.gnn_type GINEConv &
nohup python -m train.sr25 --config $CONFIG device 2 model.gnn_type GCNConv &
nohup python -m train.sr25 --config $CONFIG device 3 model.gnn_type TransformerConv ;
#######################################################################################################################################
################################################################ ZINC ################################################################
# MPGNN
CONFIG='train/configs/MPGNN/zinc.yaml'
nohup python -m train.zinc --config $CONFIG device 0 model.gnn_type ResGatedGraphConv &
nohup python -m train.zinc --config $CONFIG device 1 model.gnn_type GINEConv &
nohup python -m train.zinc --config $CONFIG device 2 model.gnn_type GCNConv &
nohup python -m train.zinc --config $CONFIG device 3 model.gnn_type TransformerConv ;
# Graph MLPMixer
CONFIG='train/configs/GraphMLPMixer/zinc.yaml'
nohup python -m train.zinc --config $CONFIG device 0 model.gnn_type ResGatedGraphConv &
nohup python -m train.zinc --config $CONFIG device 1 model.gnn_type GINEConv &
nohup python -m train.zinc --config $CONFIG device 2 model.gnn_type GCNConv &
nohup python -m train.zinc --config $CONFIG device 3 model.gnn_type TransformerConv ;
#######################################################################################################################################
################################################################ MNIST ################################################################
# MPGNN
CONFIG='train/configs/MPGNN/mnist.yaml'
nohup python -m train.mnist --config $CONFIG device 0 model.gnn_type ResGatedGraphConv &
nohup python -m train.mnist --config $CONFIG device 1 model.gnn_type GINEConv &
nohup python -m train.mnist --config $CONFIG device 2 model.gnn_type GCNConv &
nohup python -m train.mnist --config $CONFIG device 3 model.gnn_type TransformerConv ;
# Graph MLPMixer
CONFIG='train/configs/GraphMLPMixer/mnist.yaml'
nohup python -m train.mnist --config $CONFIG device 0 model.gnn_type ResGatedGraphConv &
nohup python -m train.mnist --config $CONFIG device 1 model.gnn_type GINEConv &
nohup python -m train.mnist --config $CONFIG device 2 model.gnn_type GCNConv &
nohup python -m train.mnist --config $CONFIG device 3 model.gnn_type TransformerConv ;
#######################################################################################################################################
################################################################ CIFAR10 ################################################################
# MPGNN
CONFIG='train/configs/MPGNN/cifar10.yaml'
nohup python -m train.cifar10 --config $CONFIG device 0 model.gnn_type ResGatedGraphConv &
nohup python -m train.cifar10 --config $CONFIG device 1 model.gnn_type GINEConv &
nohup python -m train.cifar10 --config $CONFIG device 2 model.gnn_type GCNConv &
nohup python -m train.cifar10 --config $CONFIG device 3 model.gnn_type TransformerConv ;
# Graph MLPMixer
CONFIG='train/configs/GraphMLPMixer/cifar10.yaml'
nohup python -m train.cifar10 --config $CONFIG device 0 model.gnn_type ResGatedGraphConv &
nohup python -m train.cifar10 --config $CONFIG device 1 model.gnn_type GINEConv &
nohup python -m train.cifar10 --config $CONFIG device 2 model.gnn_type GCNConv &
nohup python -m train.cifar10 --config $CONFIG device 3 model.gnn_type TransformerConv ;
#######################################################################################################################################
################################################################ MolTox21 ################################################################
# MPGNN
CONFIG='train/configs/MPGNN/moltox21.yaml'
nohup python -m train.moltox21 --config $CONFIG device 0 model.gnn_type ResGatedGraphConv &
nohup python -m train.moltox21 --config $CONFIG device 1 model.gnn_type GINEConv &
nohup python -m train.moltox21 --config $CONFIG device 2 model.gnn_type GCNConv &
nohup python -m train.moltox21 --config $CONFIG device 3 model.gnn_type TransformerConv ;
# Graph MLPMixer
CONFIG='train/configs/GraphMLPMixer/moltox21.yaml'
nohup python -m train.moltox21 --config $CONFIG device 0 model.gnn_type ResGatedGraphConv &
nohup python -m train.moltox21 --config $CONFIG device 1 model.gnn_type GINEConv &
nohup python -m train.moltox21 --config $CONFIG device 2 model.gnn_type GCNConv &
nohup python -m train.moltox21 --config $CONFIG device 3 model.gnn_type TransformerConv ;
#######################################################################################################################################
################################################################ MolHIV ################################################################
# MPGNN
CONFIG='train/configs/MPGNN/molhiv.yaml'
nohup python -m train.molhiv --config $CONFIG device 0 model.gnn_type ResGatedGraphConv &
nohup python -m train.molhiv --config $CONFIG device 1 model.gnn_type GINEConv &
nohup python -m train.molhiv --config $CONFIG device 2 model.gnn_type GCNConv &
nohup python -m train.molhiv --config $CONFIG device 3 model.gnn_type TransformerConv ;
# Graph MLPMixer
CONFIG='train/configs/GraphMLPMixer/molhiv.yaml'
nohup python -m train.molhiv --config $CONFIG device 0 model.gnn_type ResGatedGraphConv &
nohup python -m train.molhiv --config $CONFIG device 1 model.gnn_type GINEConv &
nohup python -m train.molhiv --config $CONFIG device 2 model.gnn_type GCNConv &
nohup python -m train.molhiv --config $CONFIG device 3 model.gnn_type TransformerConv ;
#######################################################################################################################################
################################################################ Peptides-func ################################################################
# MPGNN
CONFIG='train/configs/MPGNN/peptides_func.yaml'
nohup python -m train.peptides_func --config $CONFIG device 0 model.gnn_type ResGatedGraphConv &
nohup python -m train.peptides_func --config $CONFIG device 1 model.gnn_type GINEConv &
nohup python -m train.peptides_func --config $CONFIG device 2 model.gnn_type GCNConv &
nohup python -m train.peptides_func --config $CONFIG device 3 model.gnn_type TransformerConv ;
# Graph MLPMixer
CONFIG='train/configs/GraphMLPMixer/peptides_func.yaml'
nohup python -m train.peptides_func --config $CONFIG device 0 model.gnn_type ResGatedGraphConv &
nohup python -m train.peptides_func --config $CONFIG device 1 model.gnn_type GINEConv &
nohup python -m train.peptides_func --config $CONFIG device 2 model.gnn_type GCNConv &
nohup python -m train.peptides_func --config $CONFIG device 3 model.gnn_type TransformerConv ;
#######################################################################################################################################
################################################################ Peptides-struct ################################################################
# MPGNN
CONFIG='train/configs/MPGNN/peptides_struct.yaml'
nohup python -m train.peptides_struct --config $CONFIG device 0 model.gnn_type ResGatedGraphConv &
nohup python -m train.peptides_struct --config $CONFIG device 1 model.gnn_type GINEConv &
nohup python -m train.peptides_struct --config $CONFIG device 2 model.gnn_type GCNConv &
nohup python -m train.peptides_struct --config $CONFIG device 3 model.gnn_type TransformerConv ;
# Graph MLPMixer
CONFIG='train/configs/GraphMLPMixer/peptides_struct.yaml'
nohup python -m train.peptides_struct --config $CONFIG device 0 model.gnn_type ResGatedGraphConv &
nohup python -m train.peptides_struct --config $CONFIG device 1 model.gnn_type GINEConv &
nohup python -m train.peptides_struct --config $CONFIG device 2 model.gnn_type GCNConv &
nohup python -m train.peptides_struct --config $CONFIG device 3 model.gnn_type TransformerConv ;
#######################################################################################################################################
################################################################ TreeNeighbourMatch ################################################################
# MPGNN
CONFIG='train/configs/MPGNN/tree_neighbour.yaml'
for DEPTH in 2 3 4 5 6 7 8
do
NLAYER_GNN=$(($DEPTH+1))
nohup python -m train.tree_neighbour --config $CONFIG model.nlayer_gnn $NLAYER_GNN device 0 model.gnn_type GATConv &
nohup python -m train.tree_neighbour --config $CONFIG model.nlayer_gnn $NLAYER_GNN device 1 model.gnn_type GINEConv &
nohup python -m train.tree_neighbour --config $CONFIG model.nlayer_gnn $NLAYER_GNN device 2 model.gnn_type GCNConv &
nohup python -m train.tree_neighbour --config $CONFIG model.nlayer_gnn $NLAYER_GNN device 3 model.gnn_type GatedGraphConv ;
done
CONFIG='train/configs/GraphMLPMixer/tree_neighbour.yaml'
DEPTH=2
nohup python -m train.tree_neighbour --config $CONFIG depth $DEPTH metis.n_patches 8 train.dropout 0.5 device 0 model.gnn_type GATConv &
nohup python -m train.tree_neighbour --config $CONFIG depth $DEPTH metis.n_patches 8 train.dropout 0.5 device 1 model.gnn_type GINEConv &
nohup python -m train.tree_neighbour --config $CONFIG depth $DEPTH metis.n_patches 8 train.dropout 0.5 device 2 model.gnn_type GCNConv &
nohup python -m train.tree_neighbour --config $CONFIG depth $DEPTH metis.n_patches 8 train.dropout 0.5 device 3 model.gnn_type GatedGraphConv ;
for DEPTH in 3 4 5 6 7 8
do
NLAYER_GNN=$(($DEPTH+1))
nohup python -m train.tree_neighbour --config $CONFIG model.nlayer_gnn $NLAYER_GNN device 0 model.gnn_type GATConv &
nohup python -m train.tree_neighbour --config $CONFIG model.nlayer_gnn $NLAYER_GNN device 1 model.gnn_type GINEConv &
nohup python -m train.tree_neighbour --config $CONFIG model.nlayer_gnn $NLAYER_GNN device 2 model.gnn_type GCNConv &
nohup python -m train.tree_neighbour --config $CONFIG model.nlayer_gnn $NLAYER_GNN device 3 model.gnn_type GatedGraphConv ;
done