diff --git a/src/silo/preprocessing/preprocessor.test.cpp b/src/silo/preprocessing/preprocessor.test.cpp
index 666b7bd93..61af0c991 100644
--- a/src/silo/preprocessing/preprocessor.test.cpp
+++ b/src/silo/preprocessing/preprocessor.test.cpp
@@ -113,6 +113,40 @@ const Scenario TSV_FILE_WITH_SQL_KEYWORD_AS_FIELD = {
    .expected_query_result = NDJSON_WITH_SQL_KEYWORD_AS_FIELD.expected_query_result
 };
 
+const Scenario EMPTY_INPUT_TSV = {
+   .input_directory = "testBaseData/exampleDatasetEmpty/",
+   .expected_sequence_count = 2,
+   .query = R"(
+      {
+         "action": {
+           "type": "Details"
+         },
+         "filterExpression": {
+            "type": "True"
+         }
+      }
+   )",
+   .expected_query_result = nlohmann::json::parse(R"(
+[])")
+};
+
+const Scenario EMPTY_INPUT_NDJSON = {
+   .input_directory = "testBaseData/exampleDatasetEmpty/",
+   .expected_sequence_count = 2,
+   .query = R"(
+      {
+         "action": {
+           "type": "Details"
+         },
+         "filterExpression": {
+            "type": "True"
+         }
+      }
+   )",
+   .expected_query_result = nlohmann::json::parse(R"(
+[])")
+};
+
 class PreprocessorTestFixture : public ::testing::TestWithParam<Scenario> {};
 
 INSTANTIATE_TEST_SUITE_P(
@@ -123,7 +157,9 @@ INSTANTIATE_TEST_SUITE_P(
       NDJSON_FILE_WITH_MISSING_SEGMENTS_AND_GENES,
       NDJSON_WITH_SQL_KEYWORD_AS_FIELD,
       TSV_FILE_WITH_SQL_KEYWORD_AS_FIELD,
-      NDJSON_WITH_NUMERIC_NAMES
+      NDJSON_WITH_NUMERIC_NAMES,
+      EMPTY_INPUT_TSV,
+      EMPTY_INPUT_NDJSON
    ),
    printTestName
 );
diff --git a/testBaseData/emptyInputNdjson/database_config.yaml b/testBaseData/emptyInputNdjson/database_config.yaml
new file mode 100644
index 000000000..1da270b08
--- /dev/null
+++ b/testBaseData/emptyInputNdjson/database_config.yaml
@@ -0,0 +1,31 @@
+schema:
+  instanceName: sars_cov-2_minimal_test_config
+  metadata:
+    - name: gisaid_epi_isl
+      type: string
+    - name: date
+      type: date
+    - name: unsorted_date
+      type: date
+    - name: region
+      type: string
+      generateIndex: true
+    - name: country
+      type: string
+      generateIndex: true
+    - name: pango_lineage
+      type: pango_lineage
+    - name: division
+      type: string
+      generateIndex: true
+    - name: age
+      type: int
+    - name: qc_value
+      type: float
+    - name: nucleotideInsertions
+      type: insertion
+    - name: aminoAcidInsertions
+      type: aaInsertion
+  primaryKey: gisaid_epi_isl
+  dateToSortBy: date
+  partitionBy: pango_lineage
\ No newline at end of file
diff --git a/testBaseData/emptyInputNdjson/input_file.ndjson b/testBaseData/emptyInputNdjson/input_file.ndjson
new file mode 100644
index 000000000..e69de29bb
diff --git a/testBaseData/emptyInputNdjson/pangolineage_alias.json b/testBaseData/emptyInputNdjson/pangolineage_alias.json
new file mode 100644
index 000000000..28210c7b9
--- /dev/null
+++ b/testBaseData/emptyInputNdjson/pangolineage_alias.json
@@ -0,0 +1,501 @@
+{
+  "A": "",
+  "B": "",
+  "C": "B.1.1.1",
+  "D": "B.1.1.25",
+  "G": "B.1.258.2",
+  "K": "B.1.1.277",
+  "L": "B.1.1.10",
+  "M": "B.1.1.294",
+  "N": "B.1.1.33",
+  "P": "B.1.1.28",
+  "Q": "B.1.1.7",
+  "R": "B.1.1.316",
+  "S": "B.1.1.217",
+  "U": "B.1.177.60",
+  "V": "B.1.177.54",
+  "W": "B.1.177.53",
+  "Y": "B.1.177.52",
+  "Z": "B.1.177.50",
+  "AA": "B.1.177.15",
+  "AB": "B.1.160.16",
+  "AC": "B.1.1.405",
+  "AD": "B.1.1.315",
+  "AE": "B.1.1.306",
+  "AF": "B.1.1.305",
+  "AG": "B.1.1.297",
+  "AH": "B.1.1.241",
+  "AJ": "B.1.1.240",
+  "AK": "B.1.1.232",
+  "AL": "B.1.1.231",
+  "AM": "B.1.1.216",
+  "AN": "B.1.1.200",
+  "AP": "B.1.1.70",
+  "AQ": "B.1.1.39",
+  "AS": "B.1.1.317",
+  "AT": "B.1.1.370",
+  "AU": "B.1.466.2",
+  "AV": "B.1.1.482",
+  "AW": "B.1.1.464",
+  "AY": "B.1.617.2",
+  "AZ": "B.1.1.318",
+  "BA": "B.1.1.529",
+  "BB": "B.1.621.1",
+  "BC": "B.1.1.529.1.1.1",
+  "BD": "B.1.1.529.1.17.2",
+  "BE": "B.1.1.529.5.3.1",
+  "BF": "B.1.1.529.5.2.1",
+  "BG": "B.1.1.529.2.12.1",
+  "BH": "B.1.1.529.2.38.3",
+  "BJ": "B.1.1.529.2.10.1",
+  "BK": "B.1.1.529.5.1.10",
+  "BL": "B.1.1.529.2.75.1",
+  "BM": "B.1.1.529.2.75.3",
+  "BN": "B.1.1.529.2.75.5",
+  "BP": "B.1.1.529.2.3.16",
+  "BQ": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1",
+  "BR": "B.1.1.529.2.75.4",
+  "BS": "B.1.1.529.2.3.2",
+  "BT": "B.1.1.529.5.1.21",
+  "BU": "B.1.1.529.5.2.16",
+  "BV": "B.1.1.529.5.2.20",
+  "BW": "B.1.1.529.5.6.2",
+  "BY": "B.1.1.529.2.75.6",
+  "BZ": "B.1.1.529.5.2.3",
+  "CA": "B.1.1.529.2.75.2",
+  "CB": "B.1.1.529.2.75.9",
+  "CC": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.2",
+  "CD": "B.1.1.529.5.2.31",
+  "CE": "B.1.1.529.5.2.33",
+  "CF": "B.1.1.529.5.2.27",
+  "CG": "B.1.1.529.5.2.26",
+  "CH": "B.1.1.529.2.75.3.4.1.1",
+  "CJ": "B.1.1.529.2.75.3.1.1.1",
+  "CK": "B.1.1.529.5.2.24",
+  "CL": "B.1.1.529.5.1.29",
+  "CM": "B.1.1.529.2.3.20",
+  "CN": "B.1.1.529.5.2.21",
+  "CP": "B.1.1.529.5.2.6",
+  "CQ": "B.1.1.529.5.3.1.4.1.1",
+  "CR": "B.1.1.529.5.2.18",
+  "CS": "B.1.1.529.4.1.10",
+  "CT": "B.1.1.529.5.2.36",
+  "CU": "B.1.1.529.5.1.26",
+  "CV": "B.1.1.529.2.75.3.1.1.3",
+  "CW": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.1.14",
+  "CY": "B.1.1.529.5.2.7",
+  "CZ": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.1.1",
+  "DA": "B.1.1.529.5.2.38",
+  "DB": "B.1.1.529.5.2.25",
+  "DC": "B.1.1.529.4.6.5",
+  "DD": "B.1.1.529.2.3.21",
+  "DE": "B.1.1.529.5.1.23",
+  "DF": "B.1.1.529.5.10.1",
+  "DG": "B.1.1.529.5.2.24.2.1.1",
+  "DH": "B.1.1.529.5.1.22",
+  "DJ": "B.1.1.529.5.1.25",
+  "DK": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.1.7",
+  "DL": "B.1.1.529.5.1.15",
+  "DM": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.1.15",
+  "DN": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.1.5",
+  "DP": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.1.8",
+  "DQ": "B.1.1.529.5.2.47",
+  "DR": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.1.3",
+  "DS": "B.1.1.529.2.75.5.1.3.1",
+  "DT": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.1.32",
+  "DU": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.1.2",
+  "DV": "B.1.1.529.2.75.3.4.1.1.1.1.1",
+  "DW": "B.1.1.529.5.3.1.1.2.1",
+  "DY": "B.1.1.529.5.2.48",
+  "DZ": "B.1.1.529.5.2.49",
+  "EA": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.1.52",
+  "EB": "B.1.1.529.5.1.35",
+  "EC": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.10.1",
+  "ED": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.1.18",
+  "EE": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.1.4",
+  "EF": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.1.13",
+  "EG": "XBB.1.9.2",
+  "EH": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.1.28",
+  "EJ": "B.1.1.529.2.75.5.1.3.8",
+  "EK": "XBB.1.5.13",
+  "EL": "XBB.1.5.14",
+  "EM": "XBB.1.5.7",
+  "EN": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.1.46",
+  "EP": "B.1.1.529.2.75.3.1.1.4",
+  "EQ": "B.1.1.529.5.1.33",
+  "ER": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.1.22",
+  "ES": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.1.65",
+  "ET": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.1.35",
+  "EU": "XBB.1.5.26",
+  "EV": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.1.71",
+  "EW": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.1.38",
+  "EY": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.1.13.1.1.1",
+  "EZ": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.1.43",
+  "FA": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.1.10",
+  "FB": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.2.1",
+  "FC": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.1.72",
+  "FD": "XBB.1.5.15",
+  "FE": "XBB.1.18.1",
+  "FF": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.8.2",
+  "FG": "XBB.1.5.16",
+  "FH": "XBB.1.5.17",
+  "FJ": "B.1.1.529.2.75.3.4.1.1.1.1.19",
+  "FK": "B.1.1.529.2.75.3.4.1.1.1.1.17",
+  "FL": "XBB.1.9.1",
+  "FM": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.1.53",
+  "FN": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.1.74",
+  "FP": "XBB.1.11.1",
+  "FQ": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.1.39",
+  "FR": "B.1.1.529.2.75.5.1.2.3",
+  "FS": "B.1.1.529.2.75.3.4.1.1.1.1.12",
+  "FT": "XBB.1.5.39",
+  "FU": "XBB.1.16.1",
+  "FV": "B.1.1.529.2.3.20.8.1.1",
+  "FW": "XBB.1.28.1",
+  "FY": "XBB.1.22.1",
+  "FZ": "XBB.1.5.47",
+  "GA": "XBB.1.17.1",
+  "GB": "XBB.1.5.46",
+  "GC": "XBB.1.5.21",
+  "GD": "XBB.1.9.3",
+  "GE": "XBB.2.3.10",
+  "GF": "XBB.1.5.24",
+  "GG": "XBB.1.5.38",
+  "GH": "XBB.2.6.1",
+  "GJ": "XBB.2.3.3",
+  "GK": "XBB.1.5.70",
+  "GL": "XAY.1.1.1",
+  "GM": "XBB.2.3.6",
+  "GN": "XBB.1.5.73",
+  "GP": "B.1.1.529.2.75.3.4.1.1.1.1.11",
+  "GQ": "B.1.1.529.2.75.3.4.1.1.1.1.3",
+  "GR": "XBB.1.5.42",
+  "GS": "XBB.2.3.11",
+  "GT": "XBC.1.6.1",
+  "GU": "XBB.1.5.41",
+  "GV": "XBB.1.5.48",
+  "GW": "XBB.1.19.1",
+  "GY": "XBB.1.16.2",
+  "GZ": "XBB.2.3.4",
+  "HA": "XBB.1.5.86",
+  "HB": "XBB.1.34.2",
+  "HC": "XBB.1.5.44",
+  "XA": [
+    "B.1.1.7",
+    "B.1.177"
+  ],
+  "XB": [
+    "B.1.634",
+    "B.1.631"
+  ],
+  "XC": [
+    "AY.29",
+    "B.1.1.7"
+  ],
+  "XD": [
+    "B.1.617.2*",
+    "BA.1*"
+  ],
+  "XE": [
+    "BA.1*",
+    "BA.2*"
+  ],
+  "XF": [
+    "B.1.617.2*",
+    "BA.1*"
+  ],
+  "XG": [
+    "BA.1*",
+    "BA.2*"
+  ],
+  "XH": [
+    "BA.1*",
+    "BA.2*"
+  ],
+  "XJ": [
+    "BA.1*",
+    "BA.2*"
+  ],
+  "XK": [
+    "BA.1*",
+    "BA.2*"
+  ],
+  "XL": [
+    "BA.1*",
+    "BA.2*"
+  ],
+  "XM": [
+    "BA.1.1*",
+    "BA.2*"
+  ],
+  "XN": [
+    "BA.1*",
+    "BA.2*"
+  ],
+  "XP": [
+    "BA.1.1*",
+    "BA.2*"
+  ],
+  "XQ": [
+    "BA.1.1*",
+    "BA.2*"
+  ],
+  "XR": [
+    "BA.1.1*",
+    "BA.2*"
+  ],
+  "XS": [
+    "B.1.617.2*",
+    "BA.1.1*"
+  ],
+  "XT": [
+    "BA.2*",
+    "BA.1*"
+  ],
+  "XU": [
+    "BA.1*",
+    "BA.2*"
+  ],
+  "XV": [
+    "BA.1*",
+    "BA.2*"
+  ],
+  "XW": [
+    "BA.1*",
+    "BA.2*"
+  ],
+  "XY": [
+    "BA.1*",
+    "BA.2*"
+  ],
+  "XZ": [
+    "BA.2*",
+    "BA.1*"
+  ],
+  "XAA": [
+    "BA.1*",
+    "BA.2*"
+  ],
+  "XAB": [
+    "BA.1*",
+    "BA.2*"
+  ],
+  "XAC": [
+    "BA.2*",
+    "BA.1*",
+    "BA.2*"
+  ],
+  "XAD": [
+    "BA.2*",
+    "BA.1*"
+  ],
+  "XAE": [
+    "BA.2*",
+    "BA.1*"
+  ],
+  "XAF": [
+    "BA.1*",
+    "BA.2*"
+  ],
+  "XAG": [
+    "BA.1*",
+    "BA.2*"
+  ],
+  "XAH": [
+    "BA.2*",
+    "BA.1*"
+  ],
+  "XAJ": [
+    "BA.2.12.1*",
+    "BA.4*"
+  ],
+  "XAK": [
+    "BA.2*",
+    "BA.1*",
+    "BA.2*"
+  ],
+  "XAL": [
+    "BA.1*",
+    "BA.2*"
+  ],
+  "XAM": [
+    "BA.1.1",
+    "BA.2.9"
+  ],
+  "XAN": [
+    "BA.2*",
+    "BA.5.1"
+  ],
+  "XAP": [
+    "BA.2*",
+    "BA.1*"
+  ],
+  "XAQ": [
+    "BA.1*",
+    "BA.2*"
+  ],
+  "XAR": [
+    "BA.1*",
+    "BA.2*"
+  ],
+  "XAS": [
+    "BA.5*",
+    "BA.2*"
+  ],
+  "XAT": [
+    "BA.2.3.13",
+    "BA.1*"
+  ],
+  "XAU": [
+    "BA.1.1*",
+    "BA.2.9*"
+  ],
+  "XAV": [
+    "BA.2*",
+    "BA.5*"
+  ],
+  "XAW": [
+    "BA.2*",
+    "AY.122"
+  ],
+  "XAY": [
+    "BA.2*",
+    "AY.45",
+    "BA.2*",
+    "AY.45",
+    "BA.2*"
+  ],
+  "XAZ": [
+    "BA.2.5",
+    "BA.5",
+    "BA.2.5"
+  ],
+  "XBA": [
+    "BA.2*",
+    "AY.45",
+    "BA.2*",
+    "AY.45",
+    "BA.2*"
+  ],
+  "XBB": [
+    "BJ.1",
+    "BM.1.1.1"
+  ],
+  "XBC": [
+    "BA.2*",
+    "B.1.617.2*",
+    "BA.2*",
+    "B.1.617.2*"
+  ],
+  "XBD": [
+    "BA.2.75.2",
+    "BF.5"
+  ],
+  "XBE": [
+    "BA.5.2",
+    "BE.4.1"
+  ],
+  "XBF": [
+    "BA.5.2.3",
+    "CJ.1"
+  ],
+  "XBG": [
+    "BA.2.76",
+    "BA.5.2"
+  ],
+  "XBH": [
+    "BA.2.3.17",
+    "BA.2.75.2"
+  ],
+  "XBJ": [
+    "BA.2.3.20",
+    "BA.5.2"
+  ],
+  "XBK": [
+    "BA.5.2",
+    "CJ.1"
+  ],
+  "XBL": [
+    "XBB.1.5.57",
+    "BA.2.75*",
+    "XBB.1.5.57"
+  ],
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+  ],
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+  ],
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+  ],
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+    "BA.5.2.34"
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+++ b/testBaseData/emptyInputNdjson/preprocessing_config.yaml
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new file mode 100644
index 000000000..11bfb2f6b
--- /dev/null
+++ b/testBaseData/emptyInputNdjson/reference_genomes.json
@@ -0,0 +1,62 @@
+{
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+  ]
+}
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+schema:
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+      type: string
+    - name: date
+      type: date
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+      type: date
+    - name: region
+      type: string
+      generateIndex: true
+    - name: country
+      type: string
+      generateIndex: true
+    - name: pango_lineage
+      type: pango_lineage
+    - name: division
+      type: string
+      generateIndex: true
+    - name: age
+      type: int
+    - name: qc_value
+      type: float
+    - name: nucleotideInsertions
+      type: insertion
+    - name: aminoAcidInsertions
+      type: aaInsertion
+  primaryKey: gisaid_epi_isl
+  dateToSortBy: date
+  partitionBy: pango_lineage
\ No newline at end of file
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new file mode 100644
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new file mode 100644
index 000000000..e69de29bb
diff --git a/testBaseData/emptyInputTsv/gene_N.fasta b/testBaseData/emptyInputTsv/gene_N.fasta
new file mode 100644
index 000000000..e69de29bb
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new file mode 100644
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new file mode 100644
index 000000000..e69de29bb
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new file mode 100644
index 000000000..e69de29bb
diff --git a/testBaseData/emptyInputTsv/gene_ORF6.fasta b/testBaseData/emptyInputTsv/gene_ORF6.fasta
new file mode 100644
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new file mode 100644
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new file mode 100644
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new file mode 100644
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new file mode 100644
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new file mode 100644
index 000000000..e69de29bb
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new file mode 100644
index 000000000..28210c7b9
--- /dev/null
+++ b/testBaseData/emptyInputTsv/pangolineage_alias.json
@@ -0,0 +1,501 @@
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