From d00e91c233af1fda273b5c9a991e2d23f49014d4 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Joselyn Chavez Date: Mon, 7 Aug 2023 02:29:05 -0400 Subject: [PATCH] fix head level --- 02_sesion5.Rmd | 14 +++++++------- 1 file changed, 7 insertions(+), 7 deletions(-) diff --git a/02_sesion5.Rmd b/02_sesion5.Rmd index 11eb017..27664f8 100644 --- a/02_sesion5.Rmd +++ b/02_sesion5.Rmd @@ -48,7 +48,7 @@ div.alert{color:#bd475d; background-color:transparent} -# Introducción +## Introducción El análisis de secuenciación de ARN a nivel de célula única (scRNAseq) ha revolucionado nuestra capacidad para estudiar la heterogeneidad celular en diversos tejidos y condiciones. A diferencia de la secuenciación de ARN tradicional, que proporciona información promedio de todas las células en una muestra, el scRNAseq permite el estudio detallado de la expresión génica en células individuales. Esto ha abierto puertas a descubrimientos sin precedentes en biología celular, permitiendo identificar nuevos tipos celulares, estados transicionales y vías de señalización específicas de células. @@ -64,12 +64,12 @@ Dentro de este contexto, la anotación de clusters en scRNAseq es esencial. Una ## Aproximaciones para anotar -1. Modo artistico. Usando conocimiento previo de genes marcadores ya publicados. +1. Modo artístico. Usando conocimiento previo de genes marcadores ya publicados. 2. Usando referencias de conjuntos de datos ya anotados. -3. Combinando el modo artistico con referencias. +3. Combinando el modo artístico con referencias. 4. Anclas con Seurat. -## Paqueterías de R mas "famosas" para anotar +## Paqueterías de R más "famosas" para anotar - [SingleR](https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/SingleR/inst/doc/SingleR.html) - [Seurat](https://satijalab.org/seurat/) @@ -93,12 +93,12 @@ Otros sitios interesantes para obtener conjuntos de datos de referencia: ## Preparación del dataset -El dataset proviene tiene el ID en GEO [GSE159677](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE159677) +El dataset tiene el ID en GEO [GSE159677](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE159677)
-**OJO** PARA FINES DEL TIEMPO DEL CURSO POR AHORA NO GENERAREMOS este dataset desde cero, este proceso realizalo cuando tengas memoria ram libre y no utilices tu equipo para otra cosa +**OJO** PARA FINES DEL TIEMPO DEL CURSO POR AHORA NO GENERAREMOS este dataset desde cero, este proceso realízalo cuando tengas memoria ram libre y no utilices tu equipo para otra cosa
@@ -302,7 +302,7 @@ for (res in c(0.1, 0.2, 0.3, 0.4, 0.5, 0.6, 0.7, 0.8, 0.9, 1)){
-Para los ejercicios de la presentacion descarga los siguientes archivos +Para los ejercicios de la presentación descarga los siguientes archivos [https://drive.google.com/file/d/1HbJ0syxTcxkI1aG6dIQ6hkJ7SrLHCLfl/view?usp=drive_link](https://drive.google.com/file/d/1HbJ0syxTcxkI1aG6dIQ6hkJ7SrLHCLfl/view?usp=drive_link)