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title: "Workshop CDSB 2023: Creando paquetes de R/Bioconductor para análisis transcriptómicos de célula única."
author: "Dra. Joselyn Cristina Chávez-Fuentes, Dr. Leonardo Collado-Torres, Dra. Yalbi Balderas-Martínez, M.C. Erick Cuevas-Fernández, Dra. Mirna Vázquez Rosas-Landa, Dra. Alejandra Medina-Rivera,"
site: bookdown::bookdown_site
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output:
bookdown::gitbook: default
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# Bienvenida {-}
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```{r, echo=FALSE}
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](https://comunidadbioinfo.github.io/bienvenida_cdsb2023/bienvenida.html)
Les damos la bienvenida al Workshop Creando paquetes de R/Bioconductor para análisis transcriptómicos de célula única!
<p align="justify">
En los últimos años, la generación de datos transcriptómicos de célula única ha cobrado gran relevancia en la investigación biomédica; sin embargo, las herramientas necesarias para su análisis continúan en desarrollo.
En este taller haremos un repaso a las herramientas estadísticas existentes para analizar datos transcriptómicos de célula única usando Bioconductor, cómo documentar tu análisis y revisaremos algunas herramientas para la interpretación de resultados.
A la par, aprenderás cuáles son los pasos cruciales para desarrollar un paquete de R y algunas buenas prácticas para la generación de código. Con la integración de estas herramientas, tendrás la oportunidad de crear tu primer paquete y contribuir a la comunidad de desarrolladores.
## Instructores
- [Dra. Joselyn Cristina Chávez Fuentes](https://comunidadbioinfo.github.io/es/authors/josschavezf/): Estancia Postdoctoral en Icahn School of Medicine at Mount Sinai.
- [Dra. Yalbi Balderas Martínez](https://comunidadbioinfo.github.io/es/authors/yalbibalderas/): Investigadora en el Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias Ismael Cosío Villegas.
- [Dra. Laura Lucila Gómez Romero](https://comunidadbioinfo.github.io/es/authors/lgomez/)
- [M.C. Erick Cuevas Fernández](https://comunidadbioinfo.github.io/es/authors/erickcufe/): Estudiante de Doctorado en la Universidad Nacional Autónoma de México.
- [Dra. Mirna Vázquez Rosas Landa](https://comunidadbioinfo.github.io/es/authors/mirnavrl/): Investigadora en el Instituto de Ciencias de Mar y Limnología de la UNAM.
- [Dra. Alejandra Medina Rivera](https://comunidadbioinfo.github.io/es/authors/amedina/): Investigadora Asociada en el Laboratorio Internacional de Investigación de Medicina Genómica, UNAM.
- [Dra. Evelia Lorena Coss Navarrete](https://comunidadbioinfo.github.io/es/authors/eveliacoss/)
- [M.C. José Antonio Ovando Ricárdez](https://comunidadbioinfo.github.io/es/authors/joseovando/)
- [Andrés Arredondo Cruz](https://comunidadbioinfo.github.io/es/authors/andresarredondo/)
- [Dr. Leonardo Collado-Torres](https://comunidadbioinfo.github.io/authors/lcollado/): Investigador en Lieber Institute for Brain Development.
## Ayudantes
- Dra. Evelia Coss
- Andrés Arredondo Cruz
- M.C. Diego Ramírez
- M.C. Luis Alberto Meza
## Temario
Consulta el calendario de este curso en: <https://bit.ly/calendarcdsb2023>
- Día 1: Flujo de análisis de datos transcriptómicos de célula única Parte I
- Presentación de la CDSB.
- Estructura e importe de datos.
- Control de calidad.
- Normalización.
- Día 2: Flujo de análisis de datos transcriptómicos de célula única Parte II
- Selección de genes altamente variables.
- Reducción de dimensiones.
- Clustering.
- Genes marcadores.
- Anotación de tipos celulares.
- Día 3: Creación de paquetes de R/Bioconductor Parte I
- Nuevas funcionalidades de RStudio, Quarto.
- Control de versiones con GitHub y RStudio.
- Solución de problemas con las versiones de paquetes de Rstudio.
- Infraestructura de un paquete de R/Bioconductor.
- Plática: Convirtiendo tu flujo de análisis en un paquete de R/Bioconductor.
- Documentación de funciones.
- Sesión social: Conociendo a la comunidad.
- Día 4: Creación de paquetes de R/Bioconductor Parte II
- Diseño de pruebas.
- Creación de viñetas.
- Compilación e instalación de paquetes.
- Proyectos colaborativos Parte I.
- Día 5: Proyectos colaborativos
- Proyectos colaborativos Parte II.
- Presentación de proyectos.
- Clausura.
## Patrocinadores
Agradecemos a nuestros patrocinadores:
[<img src="http://www.nnb.unam.mx/TIB2020/wp-content/uploads/sites/2/2020/03/RMB_Logo-horizontal.png" width="250px" />](https://www.redmexicanadebioinformatica.org/)
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## Licencia
Este material posee una licencia tipo Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License.
Para conocer más sobre esta licencia, visite http://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/